Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtttcccatgatgcccttctcttttcacaccattcactttatttaaaatcatttttttttctttaaagtttcagaatttgtgtttttctctttcagGTTCTAAATGTCCAGGTGCCTTTTTTATTCAAGCTTGCTGTTGATTGGTTAACGACCACAACTGGAAATGCTACTGCTCTTGCTTCCTTTACTACTGCTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g08350.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352778182|gb|FQ468844.1|FQ468844
EST:     AATTCCGTTTCAGGGTGATTATGGCCTTGGGTTTCTTGGTTGGGGCTAAG                         GTTCTAAATGTCCAGGTGCCTTTTTTATTCAAGCTTGCTGTTGATTGGTTA
genomic: AATTCCGTTTCAGGGTGATTATGGCCTTGGGTTTCTTGGTTGGGGCTAAGgtctgtttcc ... tctctttcagGTTCTAAATGTCCAGGTGCCTTTTTTATTCAAGCTTGCTGTTGATTGGTTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaaaatcatttttttttctttaaagtttcagaatttgtgtttttctctttcagGTTCTAAATGTCCAGGTGCCTTTTTTATTCAAGCTTGCTGTTGATTGGTTAACGACCACAACTGGAAATGCTACTGCTCTTGCTTCCTTTACTACTGCTA
                                   tttgtgtttttctctt  CT-rich tract
         atttttttttctttaa  TA-rich tract