Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttgaacttttttccttcaatgaatgtaatttgatctttattattattattgttattattatttccttgttcctgtgattcattaacatgtatgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTCAAGAAAGTACTTGCTGCACTGATAACTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g05940.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351045029|gb|FQ449283.1|FQ449283
EST:     TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCT                         GTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
genomic: TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCTgtaagttttg ... tgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
EST: gi|349814387|gb|FQ398827.1|FQ398827
EST:     TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCT                         GTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
genomic: TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCTgtaagttttg ... tgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
EST: gi|352793820|gb|FQ481974.1|FQ481974
EST:     TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCT                         GTTAAGATCTTTTTTGAGGGCAATGATATTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
genomic: TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCTgtaagttttg ... tgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
EST: gi|351051586|gb|FQ450138.1|FQ450138
EST:     TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCT                         GTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
genomic: TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCTgtaagttttg ... tgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
EST: gi|349821879|gb|FQ413050.1|FQ413050
EST:     TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCT                         GTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
genomic: TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCTgtaagttttg ... tgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
EST: gi|351054855|gb|FQ462885.1|FQ462885
EST:     TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCT                         GTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC
genomic: TGCATCGCCAATGTCTATATGGAGGTTTAAGAATTGGGTTGTATGATCCTgtaagttttg ... tgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattgttattattatttccttgttcctgtgattcattaacatgtatgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTCAAGAAAGTACTTGCTGCACTGATAACTG
                                 cattaac  putative branch site (score: 2)
     ttattattatttcctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttttgaacttttttccttcaatgaatgtaatttgatctttattattattattgttattattatttccttgttcctgtgattcattaacatgtatgcacaacagGTTAAGATCTTTTTTGTGGGCAATGATTTTGTTGGTGATGTCCCTTTATTCAAGAAAGTACTTGCTGCACTGATAACTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC