Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...gtttttattttttcttaatgaatgtctcctgtccaattttaaattaatgcccaaaaaacaaaatttattaatttaattgatttatatatttcctttatagGTGCTTGATAATCTTCCACATGATCTTATCTATTCAGAAAATCAAGCATCCCCATGGATGGAAGTATGGGTTGAGAAGCAACACAACAGGTACACAGGGA
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv05s0136g00380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA15G14130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
--gtttttattttttcttaatgaatgtctcctgtccaattttaaattaatgcccaaaaaacaaaatttattaatttaat--tgatttatatatttcctttatagGTGCTTGATAATCTTCCACATGATCTTATCTATTCAGAAAATCAAGCATCCCCATGGATGGAAGTATGGGTTGAGAAGCAACACAACAGGTACACAGGGA
| | || || | || | | || ||| ||| | | | | ||||| |||| | ||| || || ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||
tagaaatgatattctgcccctgttttttctctcattaatgaggtatttttat--agttattattatttagatatttcacaacaattaatttacttcgt--gtagGTACTTGATAATCTTCCGCATGATCTTATCTATGCAGAGAATCAAATTTCCTCATGGATGGAAGTCTGGGTTGAGAGGCAACATGACCA-----------
upper sequence: Vv05s0136g00380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G04900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtttttattttttcttaatgaatgtctcctgtccaattttaaattaatgcccaaaaaacaaaatttat-taatttaattgatttatatatttcctttatagGTGCTTGATAATCTTCCACATGATCTTATCTATTCAGAAAATCAAGCATCCCCATGGATGGAAGTATGGGTTGAGAAGCAACACAACAGGTACACAGGGA
|| | || || | || ||| ||| | | || ||| || | || || | || ||| ||| | | || || ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| | |||||| || ||| | ||
gtatgtaattatg-ttgatgtggttctatttgataggttggtattttgaattgaagagggaatcatacgtgtaatatttgtattaacttataccattgcagGTGCTAGATAATCTCCCACATGATCTTGTCTATTCCAAAAGTCAACTTTCCCCATGGATGGAAGTCTTGGTTGAAAATAAACCAGAGAG----------- atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aatgcccaaaaaacaaaatttattaatttaattgatttatatatttcctttatagGTGCTTGATAATCTTCCACATGATCTTATCTATTCAGAAAATCAAGCATCCCCATGGATGGAAGTATGGGTTGAGAAGCAACACAACAGGTACACAGGGA
tatttccttt CT-rich tract
aaaaaacaaaatttat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtttttattttttcttaatgaatgtctcctgtccaattttaaattaatgcccaaaaaacaaaatttattaatttaattgatttatatatttcctttatagGTGCTTGATAATCTTCCACATGATCTTATCTATTCAGAAAATCAAGCATCCCCATGGATGGAAGTATGGGTTGAGAAGCAACACAACAGGTACACAGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - -gaatgtc
- - - - - - - - - - - - - -cctgtcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa