Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tctgaatttggtgatgttcccaatcgttttatagcaatgagacctccttactcatggcaaactcagctctatcaaacatctctgtcctggggtgtgacagACGACCAGATGTCACTTTCCTATGGTCTGAAAGCAAATAAAGAAGCTGATTTTCTGGACTGCACAAGGACCTTTTGGCTCTGA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ccttactcatggcaaactcagctctatcaaacatctctgtcctggggtgtgacagACGACCAGATGTCACTTTCCTATGGTCTGAAAGCAAATAAAGAAGCTGATTTTCTGGACTGCACAAGGACCTTTTGGCTCTGA
tccttac putative branch site (score: 2)
tatcaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tctgaatttggtgatgttcccaatcgttttatagcaatgagacctccttactcatggcaaactcagctctatcaaacatctctgtcctggggtgtgacagACGACCAGATGTCACTTTCCTATGGTCTGAAAGCAAATAAAGAAGCTGATTTTCTGGACTGCACAAGGACCTTTTGGCTCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - -ggtgatg
- - - - - - - - - cccaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - caatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaacat