Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAAAGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0049g01770.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G27570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAAAGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA
                | | || ||||| | | | |       ||  |||  |   |    |    ||| |    | |   |   | ||| |   ||| ||   |||| |||| |   |  ||| ||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||| || ||| |  ||||||| |
----------------gta-attgttttttagtttt-------ttgctggttggttttgttttcgtgtttagagaatatgaggtgagatctgtt-gtttatttgtgat-tgttcttcggaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAACAATTTGAGGATGCTGAGGACATATGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA

upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G21510.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAAAGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA
                | | || ||||| | | | |         |  |   |   |    |    ||| |    | |   | | | ||| |    ||  |  ||  ||| |||   |   ||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||| || ||  ||||||| || ||| |  ||||||| |
----------------gta-attgtttttttgtttta-------ctccgattggttttcttttcgtgtttagagaatatggggagagatctgttttttattttttattgtatttc--tcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGTGTTGTTGCGAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA

upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G35620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttat--tgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAA------AGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA
                   |||    ||||    || ||  ||   ||        |   ||  ||  |  | |||||     | || |      | |||    |  | | | ||||  |  |||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| |||| |      | ||| || |||||  |  |||      
------------------gtattacattctaaccctaaccctaaccttt-------tactcttctgtgttttgttagat---gatatgtggttttggtgactggttctatttcttatgatatgtagTTGATGGCTTTGATTGGAGAGCAATTTGATGAAGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTCCGTCCACAGTCGAAGCAAGACAAGCTCTCCTTGT------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349815714|gb|FQ400870.1|FQ400870
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110381761|gb|EC935318.1|EC935318
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110685840|gb|EE062914.1|EE062914
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|71866301|gb|DT015356.1|DT015356
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30133607|gb|CB918946.1|CB918946
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|77584480|gb|DV221309.1|DV221309
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|77584572|gb|DV221367.1|DV221367
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110686380|gb|EE063948.1|EE063948
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30129212|gb|CB914551.1|CB914551
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|77580010|gb|DV218885.1|DV218885
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|29782677|gb|CB348195.2|CB348195
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110427971|gb|EC994428.1|EC994428
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30135899|gb|CB921237.1|CB921237
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110724989|gb|EE101297.1|EE101297
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|161712027|gb|FC059592.1|FC059592
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110732987|gb|EE108752.1|EE108752
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351040235|gb|FQ425321.1|FQ425321
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30130346|gb|CB915685.1|CB915685
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110731346|gb|EE105675.1|EE105675
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30130329|gb|CB915668.1|CB915668
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351046061|gb|FQ441444.1|FQ441444
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351015262|gb|FQ445546.1|FQ445546
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30131970|gb|CB917309.1|CB917309
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|71886452|gb|DT035507.1|DT035507
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110697840|gb|EE075280.1|EE075280
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110721728|gb|EE097336.1|EE097336
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110731029|gb|EE108785.1|EE108785
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30132754|gb|CB918093.1|CB918093
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|22013368|gb|BQ798402.1|BQ798402
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351027640|gb|FQ446807.1|FQ446807
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110375910|gb|EC940937.1|EC940937
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|71886070|gb|DT035125.1|DT035125
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110703148|gb|EE079739.1|EE079739
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAAAGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA
                                aattgat  putative branch site (score: 4)
                                          ttttatt  putative PPT
                           ttgataatt  TA-rich tract