1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...caccatttcctggtggcaacagtatctttgcagcccaccaacttaaaacaggaaacaaaggaaaactgaatgatttataatattccttgcttgatgatagGGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAGAAAAATCTAGCAATGCTTTACTAGGAAGAGGATGGTCTCCTGGTTGGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0049g00960.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGGAATTTGTTTCACTTCTTCCTCCATGGCGATTAGTGCCAGCTGCAG GGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAGEST: gi|71863975|gb|DT013030.1|DT013030
genomic: GATGGAATTTGTTTCACTTCTTCCTCCATGGCGATTAGTGCCAGCTGCAGgtacatctga ... ttgatgatagGGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAG
EST: GATGGAATTTGTTTCACTTCTTCCTCCATGGCGATTAGTGCCAGCTGCAG GGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAGEST: gi|71865013|gb|DT014068.1|DT014068
genomic: GATGGAATTTGTTTCACTTCTTCCTCCATGGCGATTAGTGCCAGCTGCAGgtacatctga ... ttgatgatagGGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAG
EST: GATGGAATTTGTTTCACTTCTTCCTCCATGGCGATTAGTGCCAGCTGCAG GGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAG
genomic: GATGGAATTTGTTTCACTTCTTCCTCCATGGCGATTAGTGCCAGCTGCAGgtacatctga ... ttgatgatagGGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAG
aaacaggaaacaaaggaaaactgaatgatttataatattccttgcttgatgatagGGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAGAAAAATCTAGCAATGCTTTACTAGGAAGAGGATGGTCTCCTGGTTGGAG
gcttgat putative branch site (score: 5)
ttccttgctt CT-rich tract
aaaactgaatgattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caccatttcctggtggcaacagtatctttgcagcccaccaacttaaaacaggaaacaaaggaaaactgaatgatttataatattccttgcttgatgatagGGAAAGTTAACAATTGTTCGATTGAGGAATTGGGTCTTGAAGATGAGTCAGAAAAATCTAGCAATGCTTTACTAGGAAGAGGATGGTCTCCTGGTTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- ccatttc
- - - - - - - ggcaaca
- - - - - - - - - - - - -ctttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - -cccacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaac