1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ttagtggaaagtagctctcttattcttattcttactgaaatgctaagtttttctgtatggcatgctacaataaatccaacaagctctattcttgccacagGTTGTGTTGAAGTAGTTGGTTGTGTTAAATGTGAAGAGCTGGCGTGCTGGAAGGAGGTACCTGAAGGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0049g00850.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
agtttttctgtatggcatgctacaataaatccaacaagctctattcttgccacagGTTGTGTTGAAGTAGTTGGTTGTGTTAAATGTGAAGAGCTGGCGTGCTGGAAGGAGGTACCTGAAGGG
ctctattctt CT-rich tract
tacaataaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttagtggaaagtagctctcttattcttattcttactgaaatgctaagtttttctgtatggcatgctacaataaatccaacaagctctattcttgccacagGTTGTGTTGAAGTAGTTGGTTGTGTTAAATGTGAAGAGCTGGCGTGCTGGAAGGAGGTACCTGAAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- agtggaaa
- - - - - - agctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacaa