Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttctttaggccactgatacatgatatataatatacacacatacatctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCTTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04510.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g37890.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtttctttaggccactgatacatgatatataatata-cacacata-catctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCTTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG
|| | | | ||| || || | || || | | ||| | ||| || | | ||| ||| | || | | | | || |||||| || ||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||
aaccctagaattcctcaaaacagagcatttactttaacaatcctgtcatgttatcatcactcagaagaat--catcattttggttattttttttccttgtagGTTCTTTTATGCTTCAAGTGCTTGTATCTACCCTGAATTTAAGCAGCTGGACACTGTAGTTAGCTTGAAGGAGTCAGATGCTTGGCCTGCAGAG

upper sequence: Vv05s0020g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g37890.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtttctttaggccactgatacatgatatataatata-cacacata-catctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCTTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG------
|| | | | ||| || || | || || | | ||| | ||| || | | ||| ||| | || | | | | || |||||| || ||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||
aaccctagaattcctcaaaacagagcatttactttaacaatcctgtcatgttatcatcactcagaagaat--catcattttggttattttttttccttgtagGTTCTTTTATGCTTCAAGTGCTTGTATCTACCCTGAATTTAAGCAGCTGGACACTGTAGTTAGCTTGAAGGAGTCAGATGCTTGGCCTGCAGAGGTTTCT

upper sequence: Vv05s0020g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G138907_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--gtttctttagg-ccactgatacatgatatataatatacacacatacatctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCTTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG
| | | | | ||| | ||| | | | | | | | | | | || | | | || || | | | || |||| | | ||||| ||||||||||| || || || || || ||||| || || ||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||
tggccacatgaaaactgctgtcagatg-cagctgaggttaatttaga-gcccatctcttgcaaaaaaaaaaaagtttgaaatttctg-tcgtttacatggcagGTTCTTCTATGCATCAAGTGCCTGCATCTACCCTGAGTTCAAGCAGCTGGAAACTGTAGTTAGCTTGAAGGAGTCCGATGCTTGGCCTGCCGAG

upper sequence: Vv05s0020g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S237_14V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
--gtttctttaggccactgatacatgatatataatatacacacatacatctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctc-gtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGC---TTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG
||| ||||| || || | | | | | | || | ||| | | || ||| | | ||| | ||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |
agagcaatttgttgttctgatgtgtg---tagggtcgatttatgtcttttttgatatcacaagtatggagtggtagcctgagtgggtttagtggatgtttcagGTTTTTCTATGCCTCAAGCGCGTGCATTTACCCTGAATTCAAGCAACTCGAAACTGATGTGAGCAGTTTGAAGGAGTCTGATGCGTGGCCCGCTCTG

upper sequence: Vv05s0020g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S98_250V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
--gtttctttaggccactgatacatgatatataatatacac-acatacatctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCT---TGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG
| ||| | | | | | || | | | | | | | |||| || || || | | || | | | || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || ||| |||| ||| ||||||||| |||| || || ||||||||||||||| |
attcatatttgtatttttattcctcacaactttatgtttcctgtagatgttttgaaaactctggagttc-tgattgtggaatttttggtggaggattg--cagGTTTTTCTATGCCTCAAGCGCGTGTATTTACCCTGAGTTCAAGCAGCTGGAGACTGATGTGAGCTCTTTGAAAGAATCGGATGCTTGGCCTGCTCTG

upper sequence: Vv05s0020g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S171_56V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
---gtttctttaggccactgatacatgatatataatatacacacatacatctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGC---TTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG
| | | | | ||| || | | | || | | || || | || | || | ||| | | | ||| | || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||| | |||||| |||||||||| || |||||||| ||| |
gtgagtacaatcttcttcctttaccgatcgtagagagattgctcccgtttcaaatc--ttttggttttgtcggttcctgagtg-gagttggtggatgttgcagGTTTTTCTATGCTTCAAGCGCGTGTATCTATCCTGAATTCAAACAGCTGGAGACTGACGTGAGCAGCCTGAAGGAGTCGGACGCTTGGCCCGCTCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110690520|gb|EE067689.1|EE067689
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351056646|gb|FQ443273.1|FQ443273
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|349823754|gb|FQ415165.1|FQ415165
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTCGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|161715726|gb|FC068393.1|FC068393
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110724254|gb|EE099931.1|EE099931
EST:     ATGATTAGCATCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110712339|gb|EE089844.1|EE089844
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110697772|gb|EE075142.1|EE075142
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351039352|gb|FQ461219.1|FQ461219
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110713058|gb|EE088647.1|EE088647
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110710946|gb|EE087579.1|EE087579
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351053527|gb|FQ459274.1|FQ459274
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110711807|gb|EE088704.1|EE088704
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351023083|gb|FQ430958.1|FQ430958
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110429041|gb|EC995528.1|EC995528
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|37188406|gb|CF607755.1|CF607755
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|30296895|gb|CB973689.1|CB973689
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|161717618|gb|FC066267.1|FC066267
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110710842|gb|EE087363.1|EE087363
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110688673|gb|EE067497.1|EE067497
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110688752|gb|EE067664.1|EE067664
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110709756|gb|EE085496.1|EE085496
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|161717025|gb|FC068457.1|FC068457
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110727892|gb|EE105171.1|EE105171
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|161716416|gb|FC068414.1|FC068414
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110699656|gb|EE076844.1|EE076844
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110711660|gb|EE088389.1|EE088389
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110701564|gb|EE079280.1|EE079280
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351056774|gb|FQ443401.1|FQ443401
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|30136809|gb|CB922147.1|CB922147
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTANACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|349826666|gb|FQ418757.1|FQ418757
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110712020|gb|EE089165.1|EE089165
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110711140|gb|EE087341.1|EE087341
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110711116|gb|EE087296.1|EE087296
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110718172|gb|EE094701.1|EE094701
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351055373|gb|FQ441971.1|FQ441971
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|30133677|gb|CB919016.1|CB919016
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|71862707|gb|DT011762.1|DT011762
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110708471|gb|EE086048.1|EE086048
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110692467|gb|EE071745.1|EE071745
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110713774|gb|EE089987.1|EE089987
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110691490|gb|EE069648.1|EE069648
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|352789795|gb|FQ478610.1|FQ478610
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351035857|gb|FQ463702.1|FQ463702
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110690440|gb|EE067539.1|EE067539
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110397943|gb|EC963950.1|EC963950
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110689288|gb|EE065379.1|EE065379
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|71867732|gb|DT016787.1|DT016787
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110690011|gb|EE066739.1|EE066739
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351046356|gb|FQ452972.1|FQ452972
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110706385|gb|EE081866.1|EE081866
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110730002|gb|EE106582.1|EE106582
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110689401|gb|EE065591.1|EE065591
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|22013933|gb|BQ798967.1|BQ798967
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|37188933|gb|CF608282.1|CF608282
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCAT
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCAT
EST: gi|30134831|gb|CB920169.1|CB920169
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|30251726|gb|CB969459.1|CB969459
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTACTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110710487|gb|EE086864.1|EE086864
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110712797|gb|EE088155.1|EE088155
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351030340|gb|FQ432278.1|FQ432278
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110702753|gb|EE079001.1|EE079001
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110703437|gb|EE080280.1|EE080280
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110690995|gb|EE068593.1|EE068593
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110711219|gb|EE087490.1|EE087490
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110711728|gb|EE088537.1|EE088537
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|30135108|gb|CB920446.1|CB920446
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110701563|gb|EE079279.1|EE079279
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110700929|gb|EE078013.1|EE078013
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|351048894|gb|FQ449737.1|FQ449737
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110710987|gb|EE087668.1|EE087668
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
EST: gi|110720679|gb|EE096810.1|EE096810
EST:     ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAG                         GTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA
genomic: ATGATTAGCTTCAACATGCTTGAGGCTTCAAGAATCAATGGGGTTAAGAGgtttgtctcc ... tgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCTTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG
                tattaat  putative branch site (score: 2)
 tgtttttt  putative PPT
 atattaatgttttcaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttctttaggccactgatacatgatatataatatacacacatacatctacccatttctgatattaatgttttcaatgtgtgtgctcgtgtgttttttagGTTTTTCTATGCATCCAGCGCTTGTATTTATCCTGAATTTAAACAGTTGGAAACTAATGTGAGCTTGAAGGAGTCTGATGCTTGGCCTGCTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - gccactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -acacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtgtg