Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtattttaaccgtaaatgttgttcagaccatgaaacccattaaaaggttgtcactaactgctcatgagcgatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04080.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G38940.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtatgtattttaaccgtaaatgttgttcagaccatgaaacccattaaaaggttgtcactaa---ctgctcatgagc--gatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG
||| |  | ||  | | |  | |   |   |        |  |||||  | ||  ||||||   ||| || |  ||  |  |||  ||| |||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||| ||||||  |||   ||  |||| |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||
gtaagcttcttg-ctgcatctatcagttgtatttatgtgcagattaagggctttacactaacatctgatctttggctggtgttaaattgtagAACTTGGAGTCCTTAGCTGGAAATTAGATGCTGATAACCATGAAAATGATCCAGAGCTGAAAAAGATTCGTGAAGAGCGTGGCTACACCTACATG

upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT4G14716.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtatgtattttaaccgtaaatgttgttcagacca-tgaaacccattaaaaggttgtcactaactgctcatgagcgatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG
        |    |  |   |||  ||||   || ||     |  |       | |   |   | | ||||     |||   | ||||| || ||||| || |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||| ||||| ||||||
-------gtccccctctttgtgtgtttcaattcaatgttgttctctctgcttctctattttgtttcacatgtaatgtttgtgt-gcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGAGGATTTGAAAAAGATCCGTGAATCTCGTGGTTACTCTTACATG

upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G26400.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtatgtattttaaccgtaaatgttgttcagaccatgaaacccattaaaaggttgtcactaactgctcatgagcgatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG
|| ||| | |  | | | | |||||  || ||  | |  |        |||||   | |   |  |  |      |||    | |||| |||||||| ||  ||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||| | ||||| ||||||||||||
gtctgtgtgt--atcttcattgttgcacatacttttattctttcacgtaggttaataatgttttttttt------ttttttgttcagAGCTTGGAGTACTTTGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGAGGAATTGAAAAGGATCCGCGAATCTCGTGGTTACTCCTACATG

upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT4G14710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtatgtattttaaccgtaaatgttgttcagaccatgaaacccattaaaaggttgtcactaactgctcatgagcgatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG
             |  |   |||  ||||   ||     |   |       |    | |   | |  |||     |||   | ||||| || ||||| || |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||
-----------gtctctttgtgtgtttcaattcagtgttcttctctctgtttctctatttgtttcagatgtaatgtttgtgt-gcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGAGGATTTGAAAAAGATCCGCGAATCTCGTGGTTACTCTTACATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|28959685|gb|CB339843.1|CB339843
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110713746|gb|EE089937.1|EE089937
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110421959|gb|EC988266.1|EC988266
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30296431|gb|CB973225.1|CB973225
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110701874|gb|EE079942.1|EE079942
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|33401763|gb|CF207390.1|CF207390
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGGTTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110702193|gb|EE080629.1|EE080629
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30304245|gb|CB981039.1|CB981039
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|28958843|gb|CB339421.1|CB339421
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|34544397|gb|CF512629.1|CF512629
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110410229|gb|EC975907.1|EC975907
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110711319|gb|EE087674.1|EE087674
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110370005|gb|EC934179.1|EC934179
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|27586811|gb|CB009506.1|CB009506
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110429045|gb|EC995532.1|EC995532
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|351018907|gb|FQ426406.1|FQ426406
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30303116|gb|CB979910.1|CB979910
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|22011493|gb|BQ796527.1|BQ796527
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30305201|gb|CB981995.1|CB981995
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110720418|gb|EE096325.1|EE096325
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110363595|gb|EC927194.1|EC927194
EST:     CCCCCATCACCGAGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110723038|gb|EE099892.1|EE099892
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|71856794|gb|DT005849.1|DT005849
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30304592|gb|CB981386.1|CB981386
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30295842|gb|CB972636.1|CB972636
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110693433|gb|EE069670.1|EE069670
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|37183887|gb|CF603241.1|CF603241
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|37183616|gb|CF602970.1|CF602970
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|34547073|gb|CF515305.1|CF515305
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30300759|gb|CB977553.1|CB977553
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGTTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|71874369|gb|DT023424.1|DT023424
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30298116|gb|CB974910.1|CB974910
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30305264|gb|CB982058.1|CB982058
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTACATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|34545434|gb|CF513666.1|CF513666
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|26266055|gb|CA817118.1|CA817118
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTTCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATAAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110361145|gb|EC924598.1|EC924598
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110408280|gb|EC973912.1|EC973912
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30304172|gb|CB980966.1|CB980966
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|28962565|gb|CB341598.1|CB341598
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGTTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30296486|gb|CB973280.1|CB973280
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30304643|gb|CB981437.1|CB981437
EST:     CACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|26261905|gb|CA812968.1|CA812968
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAATTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30296126|gb|CB972920.1|CB972920
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|30299314|gb|CB976108.1|CB976108
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110376672|gb|EC941739.1|EC941739
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|34545521|gb|CF513753.1|CF513753
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|29785029|gb|CB341669.2|CB341669
EST:     NCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTNGGATCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGTTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110729733|gb|EE106009.1|EE106009
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|26265385|gb|CA816448.1|CA816448
EST:     CCCCCATCACCGGGGTCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110409494|gb|EC975157.1|EC975157
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110375584|gb|EC940585.1|EC940585
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|33407577|gb|CF213204.1|CF213204
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|26265446|gb|CA816509.1|CA816509
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|110373668|gb|EC937924.1|EC937924
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|161706350|gb|FC056297.1|FC056297
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|33407550|gb|CF213177.1|CF213177
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|22007489|gb|BQ792523.1|BQ792523
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|26257583|gb|CA808646.1|CA808646
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
EST: gi|26257644|gb|CA808707.1|CA808707
EST:     CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTA                         AACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG
genomic: CCCCCATCACCGGGATCCCAAGGAATTTGTGTCCTTGGACCAACTTGCTAgtatgtattt ... taccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgaaacccattaaaaggttgtcactaactgctcatgagcgatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG
                       cactaac  putative branch site (score: 1)
                                           tttacctt  putative PPT
          attaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtattttaaccgtaaatgttgttcagaccatgaaacccattaaaaggttgtcactaactgctcatgagcgatttaccttgcagAACTTGGAGTGCTCAGCTGGCGATTAGATGCTGATAACTATGAAACAGATGAGGAATTGAAGAAGATTCGTGAAGCCCGTGGATACTCCTACATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC