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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtctgcaacttcctcctctgctttagatgttctgcatttcgattctacctctaaaattatgcgctctcataatgttttggggttgggttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTCTGACTGGGTACACTTTCTGGGCTTCTAAGAAGGGCAAAGACTTCAGCTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g02430.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g02430.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g33360.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtcagtctgcaacttcctcctctgctttagatgttctgcatttcgattctacctctaa-aattatgcgctct-cataatgttttggggttgggttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTCTGACTGGGTACACTTTCTGGGCTTCTAAGAAGGGCAAAGACTTCAGCTA
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----------gttggttttctttcctttgcaagtttt--agttagtttcttcaactgccaactgtactttttacataacaatc----atttgtgtgctgcagGGAAAATTGTGCTTGAGGCATTAATATTGACCTCAGCTGTGGTTGCCTCTTTGACTGCGTATACTTTCTGGGCTTCAAAGAAGGGGAAAGAATTTGGTTA

upper sequence: Vv05s0020g02430.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT4G15470.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------------gtcagtctgcaacttcctcctctgctttaga----------tgttctgcatttcgattc----tacctctaaaa-ttatgcgct--ctcataatgttttggggtt--------gggttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTCTGACTGGGTACACTTTCTGGGCTTCTAAGAAGGGCAAAGACTTCAGCTA
                                                                    | |  |    ||||  |     ||    | |          ||      | || || |       ||| ||||| || || | |  || | ||| | |||   ||        | |||||  ||||| | ||||| ||  |||| ||||| || ||   | |||||||    ||||| || |  ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| 
gttgttatctcgttccctttcatatcatctgattctaaccaataatatgtgatttggttgctgttccagccgcttcttaactcaccttattgtcacaaagaacaaaatttgcctgaaacttggaatagcaaagcctgtaaaagttgtgtgtttactaacaatctattgttctttcttctacgtgttttaccagGACGAATTGTGCTACAAGCCTTGATATTGACTCTGTCTGTGGTCGGATCTCTAACCGCATACACTTTCTGGGCTGCAAAGAAGGGAAAAGACTTCAGCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|294964072|gb|GW837875.1|GW837875
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110360326|gb|EC923307.1|EC923307
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30256389|gb|CB972232.1|CB972232
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|77585674|gb|DV221925.1|DV221925
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30134992|gb|CB920330.1|CB920330
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|161705564|gb|FC055763.1|FC055763
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110702794|gb|EE079077.1|EE079077
EST:     CTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110424468|gb|EC990830.1|EC990830
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30135508|gb|CB920846.1|CB920846
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|22015584|gb|BQ800618.1|BQ800618
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|33404369|gb|CF209996.1|CF209996
EST:     TGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: TGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|161718598|gb|FC068199.1|FC068199
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|352763363|gb|FQ471675.1|FQ471675
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|27585686|gb|CB008381.1|CB008381
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|33407016|gb|CF212643.1|CF212643
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110406950|gb|EC972539.1|EC972539
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110414828|gb|EC980688.1|EC980688
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|32245720|gb|CD711539.1|CD711539
EST:     CTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30256468|gb|CB972311.1|CB972311
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110396921|gb|EC962628.1|EC962628
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30303599|gb|CB980393.1|CB980393
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110425133|gb|EC991510.1|EC991510
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|22007558|gb|BQ792592.1|BQ792592
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATCTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110400532|gb|EC967098.1|EC967098
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|32246330|gb|CD712149.1|CD712149
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|161707346|gb|FC055170.1|FC055170
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110420299|gb|EC986567.1|EC986567
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110406721|gb|EC972303.1|EC972303
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110386243|gb|EC950824.1|EC950824
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30256294|gb|CB972137.1|CB972137
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30133235|gb|CB918574.1|CB918574
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30303660|gb|CB980454.1|CB980454
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110405197|gb|EC970733.1|EC970733
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30303653|gb|CB980447.1|CB980447
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|22011518|gb|BQ796552.1|BQ796552
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|71860785|gb|DT009840.1|DT009840
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110411863|gb|EC977590.1|EC977590
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|30133332|gb|CB918671.1|CB918671
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110394807|gb|EC960137.1|EC960137
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110391737|gb|EC956736.1|EC956736
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|110358240|gb|EC922312.1|EC922312
EST:     AACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGGGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
genomic: -ACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|45771695|gb|CN007547.1|CN007547
EST:     AGTGAGCTG-GCT-AGACAGA-G                         GAAGGATTGTA-TTGAAGCATTGA-TTTAACATCGGCTGT-GTTTCCTCTC
genomic: AGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
EST: gi|351031785|gb|FQ460042.1|FQ460042
EST:     CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATG                         GAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC
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EST: gi|110716091|gb|EE090767.1|EE090767
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genomic: CACTGTGTCCATGAGTCTCACCGTTGGAGTGAGCTGTGCTAAGACAGATGgtcagtctgc ... gttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attctacctctaaaattatgcgctctcataatgttttggggttgggttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTCTGACTGGGTACACTTTCTGGGCTTCTAAGAAGGGCAAAGACTTCAGCTA
       ctctaaa  putative branch site (score: 3)
                                              ttttcac  putative PPT
        tctaaaattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagtctgcaacttcctcctctgctttagatgttctgcatttcgattctacctctaaaattatgcgctctcataatgttttggggttgggttttcacagGAAGGATTGTACTTGAAGCATTGATTTTAACATCGGCTGTGGTTTCCTCTCTGACTGGGTACACTTTCTGGGCTTCTAAGAAGGGCAAAGACTTCAGCTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT