1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...cttagtgattgaaatccttctgctatttacatgtaaaatctgtcttgatattccacttaactgttcttcaaatggcctgacaaaattgtttgttgcatagATAGTTTGTGCTTGAGCAGCCAGCTAATCGAAAGGGAACCATTGTTGGAGTCTGAAGATGGACATTTTTCCACCCTTTGCTCAGTGCCTGGTTCCCAGAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0020g02160.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgatattccacttaactgttcttcaaatggcctgacaaaattgtttgttgcatagATAGTTTGTGCTTGAGCAGCCAGCTAATCGAAAGGGAACCATTGTTGGAGTCTGAAGATGGACATTTTTCCACCCTTTGCTCAGTGCCTGGTTCCCAGAA
gcctgac putative branch site (score: 3)
aaaattgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttagtgattgaaatccttctgctatttacatgtaaaatctgtcttgatattccacttaactgttcttcaaatggcctgacaaaattgtttgttgcatagATAGTTTGTGCTTGAGCAGCCAGCTAATCGAAAGGGAACCATTGTTGGAGTCTGAAGATGGACATTTTTCCACCCTTTGCTCAGTGCCTGGTTCCCAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - gattgaaa
- - - - - - - - cttctgc
- - - - - - - - - - - - - - -catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccactta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatggcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacaaaa