1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aagatcttcttgggcttaaaaggcagctatggcttccacaaagccaatccaaagtgggccttaataattgctagtaaattgttaattgtgaatgttgcagCTGGAGGTGCCCAAACAAACACCACTACAAGGTCAAATCCTGTGGGTGATGCTAGGACTCCAACACCCAGTGGATTGGGTGGACTTGGTCTCCCAGAGCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0210g00220.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTCCAAATACAAACCCTCTTCCCAACCCTTGGACCCCAGGTGGTGGTGGTGEST: gi|110695633|gb|EE073874.1|EE073874
genomic: TGCTCCAAATACAAACCCTCTTCCCAACCCTTGGACCCCAGGTGGTGGTGGTGgtggtggtgg ... aatgttgc
EST: TGCTCCAAATACAAACCCTCTTCCCAACCCTTGGACCCCAGGTGGTGGTGGTGEST: gi|111125152|gb|EE253737.1|EE253737
genomic: TGCTCCAAATACAAACCCTCTTCCCAACCCTTGGACCCCAGGTGGTGGTGGTGgtggtggtgg ... aatgttgc
EST: TGCTCCAAATACAAACCCTCTTCCCAACCCTTGGACCCCAGGTGGTGGTGGTG
genomic: TGCTCCAAATACAAACCCTCTTCCCAACCCTTGGACCCCAGGTGGTGGTGGTGgtggtggtgg ... aatgttgc
aatccaaagtgggccttaataattgctagtaaattgttaattgtgaatgttgcagCTGGAGGTGCCCAAACAAACACCACTACAAGGTCAAATCCTGTGGGTGATGCTAGGACTCCAACACCCAGTGGATTGGGTGGACTTGGTCTCCCAGAGCT
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttaataattgctagta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagatcttcttgggcttaaaaggcagctatggcttccacaaagccaatccaaagtgggccttaataattgctagtaaattgttaattgtgaatgttgcagCTGGAGGTGCCCAAACAAACACCACTACAAGGTCAAATCCTGTGGGTGATGCTAGGACTCCAACACCCAGTGGATTGGGTGGACTTGGTCTCCCAGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - ttcttgg
- - - - - - - - -aaaaggc
- - - - - - - - - - - - - -tatggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ccacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgctag