1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gaactaagcttgagtactttgcattttctttctgatacaaaaatgtatgctattgtcattttaaatcattatttgaagacatacattctttttcttgtagTTGATTGTGCTACATGTGGAGAACATGTTAAGGTTGGAGAGTGGTGCAATTCAAGAACTTGTTGGGAAAATGATGCTTGTGGCAATGATGGATAGGCTGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0044g01800.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tatgctattgtcattttaaatcattatttgaagacatacattctttttcttgtagTTGATTGTGCTACATGTGGAGAACATGTTAAGGTTGGAGAGTGGTGCAATTCAAGAACTTGTTGGGAAAATGATGCTTGTGGCAATGATGGATAGGCTGG
tacattctttttctt CT-rich tract
tattgtcattttaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaactaagcttgagtactttgcattttctttctgatacaaaaatgtatgctattgtcattttaaatcattatttgaagacatacattctttttcttgtagTTGATTGTGCTACATGTGGAGAACATGTTAAGGTTGGAGAGTGGTGCAATTCAAGAACTTGTTGGGAAAATGATGCTTGTGGCAATGATGGATAGGCTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - ctttgca
- - - - - - - - - - - - - -ctttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - acaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acataca