Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatctttaactttacggctcgaatttgatcttttgattttagatttgaagtcagaactctaacatttacctatataatgttcaaattttaatttacagttatgatattttttctgaatgatttcaaagtttgatcttcttatgattttcttttgccccaatatgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTTGGTTGTGATGATAATTTTTGTTCCTTATATGATGGTCCACTACCTGGTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g00730.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351027232|gb|FQ444481.1|FQ444481
EST:     GGGTTGATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGATCTTGGT                         GTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
genomic: GGGTTAATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGACCTTGGTgtatgtatct ... tgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
EST: gi|349820946|gb|FQ408654.1|FQ408654
EST:     GGGTTAATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGATCTTGGT                         GTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
genomic: GGGTTAATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGACCTTGGTgtatgtatct ... tgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
EST: gi|351042013|gb|FQ456223.1|FQ456223
EST:     GGGTTGATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGATCTTGGT                         GTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
genomic: GGGTTAATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGACCTTGGTgtatgtatct ... tgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
EST: gi|351025817|gb|FQ427829.1|FQ427829
EST:     GGGTTGATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGATCTTGGT                         GTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
genomic: GGGTTAATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGACCTTGGTgtatgtatct ... tgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
EST: gi|349819195|gb|FQ412089.1|FQ412089
EST:     GGGTTAATTGTACTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGATCTTGGT                         GTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT
genomic: GGGTTAATTGTGCTGGATGTGACAGATGTCCCACAAAAAGCGACCTTGGTgtatgtatct ... tgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatttcaaagtttgatcttcttatgattttcttttgccccaatatgtactacagGTTGATCTAACTCTATATGATATGAAAGCCTCTACAACTTCAGATGCAGTTGGTTGTGATGATAATTTTTGTTCCTTATATGATGGTCCACTACCTGGTT
          gtttgat  putative branch site (score: 5)
                     ttatgattttctttt  TA-rich tract