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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctcttctttttatgtatgctttcaaattggttttatggtgtgaattttcaatatggattcaaggccatgctgggaatctctgtatgggtatgtatgctttgtctttgaattgacctaatgggtgagttaatatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTGTTTGGCACGCCACTGATTTCTCTGATGGAGAGTTGAAGGAAGAGCTTTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g01410.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110367022|gb|EC930942.1|EC930942
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110689686|gb|EE066127.1|EE066127
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|71859118|gb|DT008173.1|DT008173
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|161715362|gb|FC064889.1|FC064889
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30132864|gb|CB918203.1|CB918203
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30137279|gb|CB922617.1|CB922617
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110687570|gb|EE065130.1|EE065130
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110702450|gb|EE081174.1|EE081174
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110415331|gb|EC981228.1|EC981228
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110377412|gb|EC942474.1|EC942474
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110700970|gb|EE078089.1|EE078089
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|27581941|gb|CB004636.1|CB004636
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110687053|gb|EE064129.1|EE064129
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110374146|gb|EC938714.1|EC938714
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30255522|gb|CB971654.1|CB971654
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30132192|gb|CB917531.1|CB917531
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110407002|gb|EC972593.1|EC972593
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|71871623|gb|DT020678.1|DT020678
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATAC
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATAC
EST: gi|30252754|gb|CB970305.1|CB970305
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGGGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|22013032|gb|BQ798066.1|BQ798066
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110370746|gb|EC932831.1|EC932831
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gggtatgtatgctttgtctttgaattgacctaatgggtgagttaatatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTGTTTGGCACGCCACTGATTTCTCTGATGGAGAGTTGAAGGAAGAGCTTTT
                                         ttaatatgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctcttctttttatgtatgctttcaaattggttttatggtgtgaattttcaatatggattcaaggccatgctgggaatctctgtatgggtatgtatgctttgtctttgaattgacctaatgggtgagttaatatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTGTTTGGCACGCCACTGATTTCTCTGATGGAGAGTTGAAGGAAGAGCTTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT