Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaactaaggaacatttcttcaaacttgtcaactttcatcgatgtaaagctaaacatttctggtttagattatatcattttgctaacatatgggttgctctttatgtgcagTGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g01040.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22014225|gb|BQ799259.1|BQ799259
EST:     ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGG                         TGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
genomic: ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGGgtaaactaag ... ttatgtgcagTGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
EST: gi|110424568|gb|EC990932.1|EC990932
EST:     ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGG                         TGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
genomic: ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGGgtaaactaag ... ttatgtgcagTGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
EST: gi|30253208|gb|CB970759.1|CB970759
EST:     ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGG                         TGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
genomic: ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGGgtaaactaag ... ttatgtgcagTGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
EST: gi|110396809|gb|EC962509.1|EC962509
EST:     ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGG                         TGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
genomic: ATGGGTTTGATTTCCCAGACGGTGTATGATGGAGATTGCCATGTTCTTGGgtaaactaag ... ttatgtgcagTGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctggtttagattatatcattttgctaacatatgggttgctctttatgtgcagTGTCATTCCAAGAGCCCTCATGCCTCTTGAG
                        tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                      ttgctcttt  putative PPT
       tttagattatatcatt  TA-rich tract