Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctgctgctgatgcctccatggggttgatgtctgtatatttggttgaaaaattaaaatgggtcatgatctgattttacatctttcatgtgatatttttctgtggacagGTTATCGGACCATTGGTGTAATTACAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g00970.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34361920|gb|CF403505.1|CF403505
EST:     TTTAGCCAACTCAGATGCTCTTCAGATAGCGGGAAATGCTGATCCTGATG                         GTTATCGGACCATTGGTGTAATTACAAAG
genomic: TTTAGCCAACTCAGATGCTCTTCAGATAGCGGGAAATGCTGATCCTGATGgtaagtctgc ... ctgtggacagGTTATCGGACCATTGGTGTAATTACAAAG
EST: gi|352764636|gb|FQ469711.1|FQ469711
EST:     TTTAGCCAACTCAGATGCTCTTCAGATAGCGGGAAATGCTGATCCTGATG                         GTTATCGGACCATTGGTGTAATTACAAAG
genomic: TTTAGCCAACTCAGATGCTCTTCAGATAGCGGGAAATGCTGATCCTGATGgtaagtctgc ... ctgtggacagGTTATCGGACCATTGGTGTAATTACAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaatgggtcatgatctgattttacatctttcatgtgatatttttctgtggacagGTTATCGGACCATTGGTGTAATTACAAAG
             atctgat  putative branch site (score: 4)
                                      tatttttct  putative PPT
                                   tgatattttt  TA-rich tract