Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttctcaccatttcgcaaaattcacttaccttatgtaaaataaaattacatacagatgcctaactgtcaattgctattctttgtttatgtgggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTGGGGCCGAGTCGCTTCTCACTCTGACCAACTTGTTCATTGTGCTGGGGTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g01270.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32246901|gb|CD712720.1|CD712720
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27578659|gb|CB001354.1|CB001354
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27578903|gb|CB001598.1|CB001598
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27579254|gb|CB001949.1|CB001949
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|30322017|gb|CD005279.1|CD005279
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27581441|gb|CB004136.1|CB004136
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27580807|gb|CB003502.1|CB003502
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27581271|gb|CB003966.1|CB003966
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|56408420|gb|CX016672.1|CX016672
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27580448|gb|CB003143.1|CB003143
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27578630|gb|CB001325.1|CB001325
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|110694739|gb|EE072110.1|EE072110
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|30322048|gb|CD005310.1|CD005310
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|30322267|gb|CD005529.1|CD005529
EST:     CCACCATCCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: CCACCATCCC-GGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
EST: gi|27579820|gb|CB002515.1|CB002515
EST:     GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATG                         CAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG
genomic: GCCACCATCCCGGCTGGTATTTATGgtaatttctc ... ggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacatacagatgcctaactgtcaattgctattctttgtttatgtgggtgaggcagCAAAGGTGCATTATGGAACTTCCCTGTCTAATGTGGATTGGTTACATGGTGGGGCCGAGTCGCTTCTCACTCTGACCAACTTGTTCATTGTGCTGGGGTT
           gcctaac  putative branch site (score: 2)
                            tattctttgtttat  TA-rich tract