Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggttaggtgccttttgtatgctttccttcatttgcttattaaaaaatattatatttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g00990.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g00990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G17240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
------tggttaggtgccttttgtatgctttccttcatttgcttattaaaaaatattatatttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT
          ||  | |   |   |    ||   |  |||  ||  |  |        | |||   |||| |  | |     || || ||| | |  ||  | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || | |||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||||||
ctgaaacacctatatacagctaagaaagcttaaattttttctttcctgcattgc----tgttttgattgttgtttttggaagtaaatattt-atactttg-tgcagGTAGATGGCATGGATGCTCTTGCTGTGAAACAAGCTTGTAAATTTGCAAAGGAGTTTGCTTTAAAGAATGGTCCCATT

upper sequence: Vv01s0026g00990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G03080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
tggttaggtgccttttgtatgctttccttcatttgcttattaaaaaatattat--atttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT
||  |   |  || |     | ||   |  || | | || |||  | | || |  |    | || |    | |     |  || ||| | |  ||  ||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| || |||| |||||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||
tgtctgcatatctatacacaggttaattaaatatacatagtaagtagtctttttgaacaatcttttttaattttcaaatgaatattt-atactttg-tacagGTTGATGGTATGGATGTTCTTGCTGTTAAACAAGCTTGCAAATTTGCAAAGGAACATGCTTTGAAGAATGGACCCCTT

upper sequence: Vv01s0026g00990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G40380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
tggttaggtgccttttgtatgctttccttcatttgcttattaaaaaatattatatttc-ttttgtggggtgtctt----gttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT
  | ||  ||   | |  |||   |  || | |   || |       |  |  | | | |||| ||   | | ||      || || ||| | |  ||  | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || | |||||| ||||||  |||||| || ||||| ||||||
-agcta--tgatatatacatgtgctgattgaatgtgttgtagtcttttcgtgaactacattttttgaaatttttttggaagtaaatattt-atactttg-tgcagGTAGATGGCATGGATGCTCTTGCTGTGAAACAAGCTTGTAAATTTGCAAAGGAGTTTGCTTTGAAGAATGGTCCCATT

upper sequence: Vv01s0026g00990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G59900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
-tggttaggtgccttttgtatgctttccttcatttg-cttattaaaaaatattatatttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT
 ||  |   | |||| |   |  |    ||| | |  | |     ||  ||  |  |||||||||  |  || |  ||| | || ||   ||      |||||||||||||||||||||  |||| || ||||| || |||| |||||||||| ||||||| ||  | || || || || 
gtgcatcattaccttgttcttattaggtttcttgtaacctgcatcaagttagcaactttcttttg-agtttgaccggttgc-tggtttgtatggataaacagGTAGATGGTATGGATGCATTTGCTGTCAAACAAGCTTGCAAATTTGCTAAGCAGCATGCGTTGGAGAAGGGGCCAATA

upper sequence: Vv01s0026g00990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G24180.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
-tggttaggtg--ccttttgtatgctttccttcatttgcttattaaaaaatattatatttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT
 |  |||  |   ||  | | ||  | ||| |  |||   |  |     | | | |     |   |      |  |  |||  | |||  | |  |  |  |||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| | || ||||| || |||
tttattactttacccaatagaattgtatccgttgtttttctgattggtgagagtgtgaacttaaagctaa-cgaatgatta--tcttttgctttgttttctagGTGGATGGTATGGATGCACTGGCTGTGAAACAGGCGTGCAAGTTTGCCAAGGAGCATGCTCTCAAGAATGGTCCTATT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110417777|gb|EC983859.1|EC983859
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|27585723|gb|CB008418.1|CB008418
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|110360358|gb|EC923399.1|EC923399
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|110383536|gb|EC947914.1|EC947914
EST:     CAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|27583148|gb|CB005843.1|CB005843
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|30298455|gb|CB975249.1|CB975249
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|110384826|gb|EC949291.1|EC949291
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|110415427|gb|EC981335.1|EC981335
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|32245966|gb|CD711785.1|CD711785
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTNGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAG
EST: gi|30133148|gb|CB918487.1|CB918487
EST:     CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAG                         GTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGTATGCAG
genomic: CCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaa ... cttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatattatatttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT
                                           atcttac  putative branch site (score: 3)
                                            tcttact  CT-rich tract
     tatatttcttttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tggttaggtgccttttgtatgctttccttcatttgcttattaaaaaatattatatttcttttgtggggtgtcttgttacatgtttcacatcttactacagGTAGATGGTATGGATGCTCTTGCGGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
tggttag
- - - - tgccttt
- - - - - - - - gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - -catttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtt