Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaattgactttacttgcgtaagactagcacttttcctaaacacactaatttcaatgaaatacaattcctctaattagattacttttgtttgaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAAATAAAGCGGTTACATTTAAAGTCATTGAAGGAGATCTCTTGAAGGAATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g05190.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110387052|gb|EC951692.1|EC951692
EST:     GGGTGACTGGNGCAATGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTG                         ATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCCATAGACAAGGAAA
genomic: GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTGgtaagccaac ... gaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAA
EST: gi|351043018|gb|FQ443860.1|FQ443860
EST:     GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTG                         ATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAA
genomic: GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTGgtaagccaac ... gaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAA
EST: gi|160482167|gb|EY254980.1|EY254980
EST:     GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTG                         ATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCCATAGACAAGGAAA
genomic: GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTGgtaagccaac ... gaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAA
EST: gi|349814893|gb|FQ410116.1|FQ410116
EST:     GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTG                         ATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAA
genomic: GGGTGACTGGGGCACTGTCGGCTCTGTCATCGAGTGGAGCTACGTTATTGgtaagccaac ... gaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatttcaatgaaatacaattcctctaattagattacttttgtttgaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAAATAAAGCGGTTACATTTAAAGTCATTGAAGGAGATCTCTTGAAGGAATA
                         taattagattactttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaattgactttacttgcgtaagactagcacttttcctaaacacactaatttcaatgaaatacaattcctctaattagattacttttgtttgaaaccaaagATGGGAAAAATCATGTTGCTAAGGAGATTGTGGAAGCTATAGACAAGGAAAATAAAGCGGTTACATTTAAAGTCATTGAAGGAGATCTCTTGAAGGAATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
aaattga
- - - - - tacttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctctaa