1 5' 3' | 2 5' 3' |
...atcatgggtatcctcttgggacaatgcggtgaggatgctaatgacattgtttcataaatttatacttgtgctgcataatgaccaaaccctcttcccacagGAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCTCACCTCAGCCTTCAACCCATAGTCTCAGCTGCAAGACTGAGGCAGATCC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0531g00030.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGAAGAGCTAAGTTTCTCCCTCATGGACCCGGTTGGAGTTCTATACTTG GAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCTEST: gi|110423879|gb|EC990230.1|EC990230
genomic: ATGAAGAGCTAAGTTTCTCCCTCATGGACCCGGTTGGAGTTCTATACTTGgtaagtttta ... cttcccacagGAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCT
EST: ATGAAGAGCTAAGTTTCTCCCTCATGGACCCGGTTGGAGTTCTGTACTTG GAAGTATTCGATAAAGACCGGTTTAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCTEST: gi|110421213|gb|EC987504.1|EC987504
genomic: ATGAAGAGCTAAGTTTCTCCCTCATGGACCCGGTTGGAGTTCTATACTTGgtaagtttta ... cttcccacagGAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCT
EST: ATGAAGAGCTAAGTTTCTCCCTCATGGACCCGGTTGGAGTTCTGTACTTG GAAGTATTCGATAAAGACCGGTTTAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCT
genomic: ATGAAGAGCTAAGTTTCTCCCTCATGGACCCGGTTGGAGTTCTATACTTGgtaagtttta ... cttcccacagGAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCT
attgtttcataaatttatacttgtgctgcataatgaccaaaccctcttcccacagGAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCTCACCTCAGCCTTCAACCCATAGTCTCAGCTGCAAGACTGAGGCAGATCC
ccctcttcccac CT-rich tract
ttcataaatttatact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcatgggtatcctcttgggacaatgcggtgaggatgctaatgacattgtttcataaatttatacttgtgctgcataatgaccaaaccctcttcccacagGAAGTATTCGATAAAGACCGATTCAAGGCAGATGACAAGATGGGCCATGCTCACCTCAGCCTTCAACCCATAGTCTCAGCTGCAAGACTGAGGCAGATCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
-tcatggg
- - - - - -cctcttg
- - - - - - - - - - acaatgc
- - - - - - - - - - - - - -ggtgagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gctaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaacc