Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtattcttgttataacaagtttccaacacaaattggaagttattaccttttttcaatgtactttgcatgttgtaatgacaagtatgatttcacaaatgcagGTCATAACAAGAGAAAGAGTGAGGAATAAGTGGTTTTGCACAATTGTAATCTATTCAAATGTGTGTAGACTAGCTTTGAATAACTTTGTGGTTTGTTGTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00870.t01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110361758|gb|EC925254.1|EC925254
EST:     TTAAAATATATATGTTTGGGAAATATGAATAATATCTGATTGACAAG                         GTCATAACAAGAGAAAGAGTGAGGAATAAGTGGTTTTGCACAATTGTAATC
genomic: TTAAAATATATATGTTTGGGAAATATGAATAATATCTGATTGACAAGgtctgtattc ... acaaatgcagGTCATAACAAGAGAAAGAGTGAGGAATAAGTGGTTTTGCACAATTGTAATC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttttcaatgtactttgcatgttgtaatgacaagtatgatttcacaaatgcagGTCATAACAAGAGAAAGAGTGAGGAATAAGTGGTTTTGCACAATTGTAATCTATTCAAATGTGTGTAGACTAGCTTTGAATAACTTTGTGGTTTGTTGTA
                                    tatgattt  TA-rich tract