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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagatattcacttgttaaactatagaacattctggtttggtgtttgtagttggtctgatggttgggactgcaactcataaaagaggctatttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCAGCGCGAAGTGGAGAAAGACCCAATGGATTTGTCTAGAGGATGCATACTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0015g01390.t01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71883475|gb|DT032530.1|DT032530
EST:     AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAG                         GCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
genomic: AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAGgtcagcattt ... ttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
EST: gi|71874496|gb|DT023551.1|DT023551
EST:     AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAG                         GCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
genomic: AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAGgtcagcattt ... ttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
EST: gi|77588863|gb|DV223674.1|DV223674
EST:     AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAG                         GCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
genomic: AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAGgtcagcattt ... ttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
EST: gi|77589633|gb|DV224104.1|DV224104
EST:     AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAG                         GCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
genomic: AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAGgtcagcattt ... ttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
EST: gi|71886269|gb|DT035324.1|DT035324
EST:     AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAG                         GCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
genomic: AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAGgtcagcattt ... ttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
EST: gi|77588931|gb|DV223714.1|DV223714
EST:     AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAG                         GCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA
genomic: AGTCTGATTTTAGGCATCAAGTTTCCCTCCTTGTTCAACCAATGCTTCAGgtcagcattt ... ttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtagttggtctgatggttgggactgcaactcataaaagaggctatttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCAGCGCGAAGTGGAGAAAGACCCAATGGATTTGTCTAGAGGATGCATACTC
       gtctgat  putative branch site (score: 4)
                             tcataaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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aagatattcacttgttaaactatagaacattctggtttggtgtttgtagttggtctgatggttgggactgcaactcataaaagaggctatttgggtacagGCTCTAGATGCTGCTTTTGCACATTATGATGCAGACCAACAGAAGAGATCAGCGCGAAGTGGAGAAAGACCCAATGGATTTGTCTAGAGGATGCATACTC

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