Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accccacctccaattattcgtctttgcttatcaatgcatgtgaagagttttatgtttggcatgctgacttttagctgttgctacgctgtgaaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTACACCCACAAGGAGCTTACTTTGCAGCCCTAAGCCTATCCCATAGTTTGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g02360.t01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110364352|gb|EC923948.1|EC923948
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTTTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|29783366|gb|CB349487.2|CB349487
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|30297817|gb|CB974611.1|CB974611
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|33402185|gb|CF207812.1|CF207812
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|33402196|gb|CF207823.1|CF207823
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|110365796|gb|EC929255.1|EC929255
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|33402539|gb|CF208166.1|CF208166
EST:     TTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGATACTT
genomic: TTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAA-CAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTT
EST: gi|32461077|gb|CD802251.1|CD802251
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|110362804|gb|EC926359.1|EC926359
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|110382148|gb|EC938618.1|EC938618
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|27585130|gb|CB007825.1|CB007825
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|110399174|gb|EC965667.1|EC965667
EST:     CAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: CAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|110420384|gb|EC986656.1|EC986656
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|110388887|gb|EC953685.1|EC953685
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|33402105|gb|CF207732.1|CF207732
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACACCAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTT
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
EST: gi|29783302|gb|CB349405.2|CB349405
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGNAG-AAATNGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGATACTT
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAG-AGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTT
EST: gi|110414936|gb|EC980800.1|EC980800
EST:     ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATG                         GATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA
genomic: ATTCATGCTCGAGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTGTTAACAACAAGATGgtatgcaacc ... aaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttttatgtttggcatgctgacttttagctgttgctacgctgtgaaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTACACCCACAAGGAGCTTACTTTGCAGCCCTAAGCCTATCCCATAGTTTGC
                tgctgac  putative branch site (score: 2)
                                           tgaaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
accccacctccaattattcgtctttgcttatcaatgcatgtgaagagttttatgtttggcatgctgacttttagctgttgctacgctgtgaaatatgcagGATTCTCAGAGGAAATGGCCAAGTGGTGAATGGCGATAAAGGGGTTACTTACACCCACAAGGAGCTTACTTTGCAGCCCTAAGCCTATCCCATAGTTTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
-ccccacc
- - - - - - - - - - - - - - - -caatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgctac