Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggattttctattttggtataactttagtttcatcaatggaatagatttgtgtaacccttatggattttacagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00170.t01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os07g37750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
----------------------------gtggattttctattttg--------gtataactttagtttcatcaatggaatagatttgtg--taacccttatgg------attttacagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA
                            |  | ||||||    ||        | || | |||| | | ||   | |    || |      ||    || ||       | ||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| 
gtgattcaagaaacataatgagcttcttgcagtttttctcaagtgtaaaagaaggattagtttactgttattgctaggtgggactaaccactagtttttgtgaactgtaactttgcagGCTATGATTGGTGAATATTTGGGACAACATGAGGAGTTCCCTCTTGCTGTGATGCATGCTTATGTTGATTCAATGAAATTTTCGGGATTGAAGTTTGATG

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: GRMZM2G335287_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 17
-------------------------------gtggattttctattttggtataactttagtttcatcaatggaatagatttgtgtaacccttatggatttta--cagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA
                               ||     |   | | |  | |||  ||| ||     || ||  || |    | ||||  || |    | ||  |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||| 
gtgatttcaaaatttcattgagtgtcttgctgtaacaatataactgttatttaatgttatttgtcaaaagggtgtacacacatctaacttttgttagctatatgcagGTTATGATTGGTGAGTACTTGGGACAGCATGAGGAGTTCCCTCTTGCTGTGATGCATGCCTATGTTGACTCCATGAAGTTTTCAGGATTGAAGTTTGATG

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: GLYMA17G04890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
---gtggattttctattttggtataactttagtttc-atcaatggaat-agatttg--------tgtaacccttatggat-tttacagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA
   |||  | |||| || |  |  || || | |||  ||| |   |   |  ||||        | ||   ||  ||| |  || |||||||  |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||
gttgtgactcttctcttgtactgcaatttaattttttatctacacatccaagtttggtctggaatatataactgttggttgctttcagGCTACAATTGGTGACTATTTAGGTCAACATGAAGAGTTTCCCCTTGCTGTGATGCATGCTTATGTAGATTCCATGAAATTTTCTGGATTTAAATTTGATA

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: GLYMA13G17610.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
----------------gtggattttctattttggtataactttagtttcatcaatggaatagatttgtgtaacccttatggattttacagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA
                ||  | |||   ||||| | || | ||   | ||    |||  | || |  | ||||  ||      ||| |||||||  |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||
gttgtgaccttctctagtataatttaatttttgatctaccattgcatccaagtttggtctggaat-atataactgttggttgcttt-cagGCTACAATTGGTGACTATTTAGGTCAACATGAAGAATTTCCCCTTGCTGTGATGCATGCTTATGTAGATTCCATGAAATTTTCTGGATTTAAATTTGATA

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: AT3G43300.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 18
gtggattttctattttggtataactttagtttcatcaatggaatagatttg-tgtaacccttatggattttacagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA
|||||    |||      |  |   ||| |||||  | |   |||| |  | | ||||  || |    | || ||| ||||||||| |||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||| || 
gtggaaca-ctagaactatgcatagttattttcagtattt--ataggtgggatttaactgttgtta--tatatagGTTATGATTGGCGATTACCTGGGCCAACACGAGGAGTTTCCTCTTGCTGTCATGCATGCATATGTTGATTCAATGAAATTTTCAGAAATGAAGTTTCATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataactttagtttcatcaatggaatagatttgtgtaacccttatggattttacagGCTATGATTGGTGATTACTTGGGTCAGCATGAGGAGTTTCCCCTTGCTGTTATGCATGCTTATGTGGATTCCATGAAGTTTTCTGGAATGAAGTTTGATA
                               gtgtaac  putative branch site (score: 3)
                      aatagattt  TA-rich tract