Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaaaaatgagattttacaaatctctctttcatcttttgcctgctgactgcttatttctctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATGTTTTAAAAGCATGGGCTGCATCTGAAGGCATCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g03080.t01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71889597|gb|DT038652.1|DT038652
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|110414986|gb|EC980854.1|EC980854
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|46917646|gb|CN546975.1|CN546975
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATGGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|71882993|gb|DT032048.1|DT032048
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|46917526|gb|CN546855.1|CN546855
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATGGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|46918400|gb|CN547729.1|CN547729
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|71881187|gb|DT030242.1|DT030242
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
EST: gi|71882474|gb|DT031529.1|DT031529
EST:     TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATG                         GTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG
genomic: TGAGAATGTATATGCTAAATGCAAATTTGTTGCCCAGTGCTTTGTATATGgtaagaaaaa ... ctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacaaatctctctttcatcttttgcctgctgactgcttatttctctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATGTTTTAAAAGCATGGGCTGCATCTGAAGGCATCCAG
                                 ctgcttatttctct  CT-rich tract
                                     ttatttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagaaaaatgagattttacaaatctctctttcatcttttgcctgctgactgcttatttctctgatgatagGTGACAGCATGAACTCATCTTTGGTTGCTATAGTGTCAGTGGACCCAGATGTTTTAAAAGCATGGGCTGCATCTGAAGGCATCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG