Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttctcaaaactccttaagtcaactaatttagatggttggaacatgaattatttgccatgaattgaccatgtcttcctctcctatatgagcaatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACAGTGGTGTTGAGTACCGGTCAGCTGGATGGTCTGAGGAATATACCATTGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0033g01410.t01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0033g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os07g23880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
--ttctcaaaactccttaagtca------actaatttagatggttggaacatgaattatttgccatgaattgaccatgtcttcctctcctatatgagcaatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACAGTGGTGTTGAGTACCGGTCAGCTGGATGGTCTGAGGAATATACCATTGT
  |||| |||   ||  |||| |      ||||  | |  |   |  |  |  ||||  ||  ||  |  ||||  | |||   | |  |  || |       | |||   | ||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||   ||| ||  |||| ||||||||  |||| ||||| |   |  |
aattctgaaagaaccaaaagttatgacttactagctcaagtatattaattaaaaattgctt-tcaaaaggtgacagtttctctttttgttggatta-------tgcagATTCCCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAATCAATGGTTATGAAGAATACAGTGGGACTGAATATAGGTCCGCTGGATGCACTGAAGAATACAATGTCAT

upper sequence: Vv02s0033g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
lower sequence: AT3G23640.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 19
-ttctcaaaactccttaagtcaactaatttagatggttggaacatgaattatttgccatgaattgaccatgtcttcctctcctatatgagcaatgttt-cagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACAGTGGTGTTGAGTACCGGTCAGCTGGATGGTCTGAGGAATATACCATTGT
 ||  ||| | |||     |     | | | || ||| |  |  |  || ||| |   |  | ||  ||     | |  |  |   |||  |   ||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||    ||||| ||||| || || ||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||| |   |  |
gttgccaagaatccgctcatgcttgattgttgacggt-gttatgtccat-attggatttagaatgtgcagagactacagttttggttgattacaatttgcagGAATTCAATGGCTTCATAGCAGGATAGATATCAATGGTTATGAGGAGTATAGTGGTACTGAGTACCGGTCAGCTGGATGTACTGAGGAATACAATGTCAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402622|gb|CF208249.1|CF208249
EST:     GGTCCCTTGGATTGGGGGTAGAATTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTG                         GAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
genomic: GGTCCCTTGGATTGGGGGTAGAATTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTGgtatgcttgt ... aatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
EST: gi|34543932|gb|CF512164.1|CF512164
EST:     TTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTG                         GAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
genomic: TTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTGgtatgcttgt ... aatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
EST: gi|110696539|gb|EE072743.1|EE072743
EST:     GGTCCCTTGGATTGGGGGTAGAATTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTG                         GAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
genomic: GGTCCCTTGGATTGGGGGTAGAATTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTGgtatgcttgt ... aatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
EST: gi|156738571|gb|EV242692.1|EV242692
EST:     GGTCCCTTGGATTGGGGGTAGAATTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTG                         GAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA
genomic: GGTCCCTTGGATTGGGGGTAGAATTATTTCCATGATGCATCTTCCTTCTGgtatgcttgt ... aatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattatttgccatgaattgaccatgtcttcctctcctatatgagcaatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACAGTGGTGTTGAGTACCGGTCAGCTGGATGGTCTGAGGAATATACCATTGT
              aattgac  putative branch site (score: 3)
           atgaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttctcaaaactccttaagtcaactaatttagatggttggaacatgaattatttgccatgaattgaccatgtcttcctctcctatatgagcaatgtttcagGAACTCAGTGGCTTCATAGCAGGATTGAAGCTAATGGATATGAAGAATACAGTGGTGTTGAGTACCGGTCAGCTGGATGGTCTGAGGAATATACCATTGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - -aaaactc
- - - - - - - - - -caactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - tggttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgaa