Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttctgtcccgaatgtggcaacaataaataagggcaggctcaagattggctgaataaaattttgttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G128114_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 1
----------gtga-gttctgtcccgaatg-tggcaacaataaataagggcaggct-caagattggc---tgaata--aaattttgttcg----ttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA
           |||  | |  |   ||||| | | |  | || ||||  ||    | |  |  | |    | ||||  |||| | | |       | |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||| || ||||| || || || ||  | || ||||   |||| 
aaaaaataaaatgacatacatttttgaatggttgtagtagtatataatagcctatttcgtggctagtacatcaatattaaatctggcttaaaatgttcagGTGGCACCATTTGGCGGAGTAAAGCAGTCTGGTCTTGGGAGAGAAGGATCGAAGTACGGCGTCGACGAATACTTGGAG

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
gtgagttctgtcccgaat---gtggcaacaataaataagggcaggctcaa-gattggctgaataaaattt-tgt-tcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA
|||  |    | ||  ||    ||  | |||   | || || |   |    ||| || | |   |  |   ||| | | || |||||||||||||||| ||  | ||  ||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| | | || 
gtgcatctcattccttattaaatgatatcaagtgacaatggaatttttgttgatgggtttatctacgtgcatgtgttgatgtagGTGGCTCCATTTGGTGGTTTTAAACAGTCTGGCCTTGGAAGAGAAGGCTCCAAATATGGGATGGATGAATATTTAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27586388|gb|CB009083.1|CB009083
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110422366|gb|EC988688.1|EC988688
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110360909|gb|EC924352.1|EC924352
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTGANCAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGG
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGG
EST: gi|32245740|gb|CD711559.1|CD711559
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|30128391|gb|CB913730.1|CB913730
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCT
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCT
EST: gi|29785203|gb|CB341997.2|CB341997
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|352765000|gb|FQ473648.1|FQ473648
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110396601|gb|EC962293.1|EC962293
EST:     AATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: AATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110420926|gb|EC987213.1|EC987213
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|77586300|gb|DV222253.1|DV222253
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|351018416|gb|FQ439228.1|FQ439228
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAAGTC-GGTCTTGGTAGGGAAGGT
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGA-GTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGT
EST: gi|34364258|gb|CF405843.1|CF405843
EST:     TGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCCTTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: TGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
EST:     CCCTTGAATATGGGCTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|34320384|gb|CF373138.1|CF373138
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|77580016|gb|DV218890.1|DV218890
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|77586095|gb|DV222145.1|DV222145
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|33407655|gb|CF213282.1|CF213282
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110373835|gb|EC938222.1|EC938222
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110395231|gb|EC960880.1|EC960880
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110384512|gb|EC948953.1|EC948953
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110363491|gb|EC927084.1|EC927084
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110378892|gb|EC944048.1|EC944048
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|27585780|gb|CB008475.1|CB008475
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|30135354|gb|CB920692.1|CB920692
EST:     GATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: GATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110714572|gb|EE091629.1|EE091629
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110420827|gb|EC987109.1|EC987109
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110418290|gb|EC984428.1|EC984428
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110413996|gb|EC979816.1|EC979816
EST:     TGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: TGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110728458|gb|EE104042.1|EE104042
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110372127|gb|EC936274.1|EC936274
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|34543207|gb|CF511439.1|CF511439
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|30128422|gb|CB913761.1|CB913761
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|161716149|gb|FC069492.1|FC069492
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTA
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTA
EST: gi|33407050|gb|CF212677.1|CF212677
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|352763958|gb|FQ465408.1|FQ465408
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|30134739|gb|CB920077.1|CB920077
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAATGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110430209|gb|EC996749.1|EC996749
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110686641|gb|EE064513.1|EE064513
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|352769124|gb|FQ471072.1|FQ471072
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110693458|gb|EE069709.1|EE069709
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110371647|gb|EC935762.1|EC935762
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110375935|gb|EC940965.1|EC940965
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|32459450|gb|CD800624.1|CD800624
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCGAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|29781739|gb|CB346445.2|CB346445
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTGGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|27586231|gb|CB008926.1|CB008926
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|37190549|gb|CF609898.1|CF609898
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
EST: gi|110688619|gb|EE067379.1|EE067379
EST:     CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAG                         GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC
genomic: CCCTTGAATATGGACTGGTTGGTGTCAATGAAGGATTGGTTTCAACAGAGgtgagttctg ... ttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacaataaataagggcaggctcaagattggctgaataaaattttgttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA
                                        ttttgttc  CT-rich tract
                               tgaataaaattttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagttctgtcccgaatgtggcaacaataaataagggcaggctcaagattggctgaataaaattttgttcgttgcagGTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA