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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccttccggaccagtgagagaattgaaccgtatacttctctttggattattcacaattgcgatctgaagggatatgtggaatgaattatttacttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCGAGTAAATCCAAACCTCAACCCCCTGATTCTTCGGATGAGAACCAGATCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g03390.t01
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g03390.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
lower sequence: AT1G01790.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 20
ccttccggaccagtgagagaattgaaccgtatacttctctttggattattcacaattgcgatctgaagggatatgtggaatgaattatttacttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCGAGTAAATCCAAACCTCAACCCCCTGATTCTTCGGATGAGAACCAGATCA---
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--gtgtgtttcattgtcgatat--atccatctatatttatcagaatctggtttggtc-tgat-tgatgtgtattgggaaatggtgtaatgataatggcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCTCTAGGCTATGGGTACTCTAGGA---CGAGTAAGCCTAAACCTCAACCATCGGATGCATCTGGCGATAACCAGATAATCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351045387|gb|FQ447652.1|FQ447652
EST:     CAGCTACAATCAACGAGTTCAGATCCCGCCACCTCTCCGAGCTCACTGAG                         CTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCG
genomic: CAGCTACAATCAACGAGTTCAGATCCCGCCACCTCTCCGAGCTCACTGAGgtactcaacg ... acttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCG
EST: gi|110407685|gb|EC973295.1|EC973295
EST:     CAGCTACAATCAACGAGTTCAGATCCCGCCACCTCTCCGAGCTCACTGAG                         CTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCG
genomic: CAGCTACAATCAACGAGTTCAGATCCCGCCACCTCTCCGAGCTCACTGAGgtactcaacg ... acttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCG
EST: gi|110425477|gb|EC991862.1|EC991862
EST:     CAGCTACAATCAACGAGTTCAGGTCCCGCCACCTTTCCGAGCTCACTGAG                         CTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCG
genomic: CAGCTACAATCAACGAGTTCAGATCCCGCCACCTCTCCGAGCTCACTGAGgtactcaacg ... acttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattcacaattgcgatctgaagggatatgtggaatgaattatttacttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCGAGTAAATCCAAACCTCAACCCCCTGATTCTTCGGATGAGAACCAGATCA
                                          tttactttt  CT-rich tract
                                 aatgaattatttactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ccttccggaccagtgagagaattgaaccgtatacttctctttggattattcacaattgcgatctgaagggatatgtggaatgaattatttacttttgcagCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCCCTTGGCTATGGATTCTCTCGGATCGCGAGTAAATCCAAACCTCAACCCCCTGATTCTTCGGATGAGAACCAGATCA

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ccttccg
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