Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtcaatccttcttcctactcagattcttcaacccatctatttgaatttttcagaaacagtactgaaagtcttacaacatttctgctatgtttcagGGAGAACACAAATGATTTGACTATGATCATTGGTGCCATGTATGCTGCAGTCCTGTTTGTTGGTATCAACAACTGCTCAACAGTCCAACCAATTGTAGCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g03640.t01
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|294967137|gb|GW840012.1|GW840012
EST:     GGTTGGGACAATTTTCTGGAAAGTTGGCACCAAAAG                         GGAGAACACAAATGATTTGACTATGATCATTGGTGCCATGTATGCTGCAGT
genomic: GGTTGGGACAATTTTCTGGAAAGTTGGCACCAAAAGgtctgtcaat ... tatgtttcagGGAGAACACAAATGATTTGACTATGATCATTGGTGCCATGTATGCTGCAGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaatttttcagaaacagtactgaaagtcttacaacatttctgctatgtttcagGGAGAACACAAATGATTTGACTATGATCATTGGTGCCATGTATGCTGCAGTCCTGTTTGTTGGTATCAACAACTGCTCAACAGTCCAACCAATTGTAGCG
                           gtcttac  putative branch site (score: 3)
                                      tttctgct  putative PPT
     tttttca  TA-rich tract