Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatcttatttcctcaaattttgctacaagccctacaattgatggcatattcaaatccttggcctctcttctccatttatatatgataggcttggtttcaattcaaaattgagacatgatcattattttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGCCAAGTAGATCCTCAATCTCCCAGTCCTTCAGCCGACCTTCTTGGTGATC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g01170.t01
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34543150|gb|CF511382.1|CF511382
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCA                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
EST: gi|110685737|gb|EE062720.1|EE062720
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCA                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
EST: gi|71860409|gb|DT009464.1|DT009464
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCG                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
EST: gi|110379780|gb|EC944999.1|EC944999
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCA                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatgataggcttggtttcaattcaaaattgagacatgatcattattttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGCCAAGTAGATCCTCAATCTCCCAGTCCTTCAGCCGACCTTCTTGGTGATC
                                           ttatttt  CT-rich tract
                tttcaattcaaaatt  TA-rich tract