Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcttctagtgggttttcttttctttcactaccttattctttattttgaattttaattactatattttgatgtatgattgcagGAGTTCATGATTCTTATTGGACACATGCATGTGATGTGGATGAAATGAACAGGCTACTTAGAGAAAAGTTTGTTCAACTCTATGAAACACCAATATTGGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0083g00790.t01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0083g00790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA18G51160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
--------------gtgcttctagtgggttttcttttctttcactaccttattctttattttgaattt--taattactatattttgatgtatgattgcagGAGTTCATGATTCTTATTGGACACATGCATGTGATGTGGATGAAATGAACAGGCTACTTAGAGAAAAGTTTGTTCAACTCTATGAAACACCAATATTGGA
              |||   | ||   ||  |      | |   ||  |  |     ||| |||   |  | || | ||  || || || ||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||||  ||||||| || || ||| |  ||||
aatgtcccaaacaagtgaaccaagcttgtggttccacttatatttagttgttaaagaattatgatactgatgatgaataatttctgctgcatgcttgtagGGGTTCATGATTCATATTGGACGCATGCATGCGATGTGGATAAAATGAACAGAATACTGAGAGAGAAGTTTGTAGAACTCTACGAGACCCCAGTGCTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22011760|gb|BQ796794.1|BQ796794
EST:     TATGATGATGACAGCAATCGCCTGCAAAAAGGCAGGCTT-AATTTTGCAG                         GAGTTCATGATTCTTATTGGACACATGCATGTGATGTGGATGAAATGAACA
genomic: TATGATGATGACAGCAATCGCCTGCAAAAAGGCAGGCTTAAATTTTGCAGgtgcttctag ... atgattgcagGAGTTCATGATTCTTATTGGACACATGCATGTGATGTGGATGAAATGAACA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaccttattctttattttgaattttaattactatattttgatgtatgattgcagGAGTTCATGATTCTTATTGGACACATGCATGTGATGTGGATGAAATGAACAGGCTACTTAGAGAAAAGTTTGTTCAACTCTATGAAACACCAATATTGGA
     ttattctttattttga  TA-rich tract