Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcatctaagttgatgtagaatctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g02090.t01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g02090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os03g15900.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtaagcatctaagttgatgtagaatctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA
            ||      | | |||    | |   || | ||  |  |    || | ||  ||  ||  ||    | ||     ||   |  |||| ||        ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| | ||||| ||||
------------gtaagaacaaattctccactagg--ttaattttttcattgagcatggaatcacactatgttgatgtcttggcccttcggt--ggatcaa--------cagGTTTGGTTTCTAGGTGAAAATGCAAATTATGCTGCTTCTGAATATGCCTGGGAGTCTGCAACACCTCCTGGTACTGCACTAATGATGCTTGATGCTGATA

upper sequence: Vv07s0031g02090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G012319_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 15
gtaagcatctaagttgatgtagaatctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA
              | |   | ||| | |  |||    | | ||  || |||   |        || | | |||||      |   | |  | |||   |      || ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||
-------------gtaagacaaaatttctgcttga---ttaatt--tgttcactgag-------ctttgactttgaaacaacagactgatgtttggcccatcaactat-cagGTTTGGTTTCTAGGAGAAAATGCTAATTATGCTGCATCTGAGTATGCCTGGGAGTCTGCAACACCACCCGGTACTGCATTAATGATGCTAGATGCTGATA

upper sequence: Vv07s0031g02090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA08G03020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
gtaagcatctaagttgatgtagaat-ctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA
||||||||     || ||  ||||  | ||  |  | |||  | | ||||  | |||| |||| |   | ||||   ||| || ||||   |     | |  ||  | |  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
gtaagcattactatttattcagaagaccttactcattctttggcttctgcg-acccaataaaa-atgttgaattaagtttctttttttctgac---aact--tgtgcttttagGTATGGTTTCTTGGGGAAAATGCAAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAATCTGCTACCCCGCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCTGATA

upper sequence: Vv07s0031g02090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA05G36530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
gtaagcatctaagttgatgtagaatctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA
||||||||     || ||  |||  | ||  |  | |||  | | ||||  | |||| |||| |   | ||||   ||| |  |||||    |||      ||  | |  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| || |
gtaagcattactatttattcagataccttactcattctttggcttctgca-acccaataaaa-atgttgaattaagtttctctttttt----ctgacaacttgtgctttaagGTATGGTTTCTTGGGGAAAATGCAAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAATCTGCTACCCCGCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCTGACA

upper sequence: Vv07s0031g02090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: AT2G07360.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 17
gtaagcatctaagttgatgtagaatctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA
                              |  | | | |   ||  | |  | || |||  |  ||    ||| |     |  | |||||   ||| || ||     |||||||||||||||||| |||||||| || || || || || |||||||| ||||| ||||||||||| || || || ||| | |||||||| ||||||||||
-----------------------------gtaagacttcctcataaggttt-tacatgaatttggtaatgttttcaacacatgatcttaaaa--ggaatactgtg---gcagGTATGGTTCCTTGGAGAAAATGCAAACTACGCCGCATCAGAATATGCATGGGAATCTGCAACTCCACCAGGCACAGCACTTATGATGTTGGATGCAGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA
                                      gattaat  putative branch site (score: 3)
     tactataaatttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagcatctaagttgatgtagaatctttctttgtccttcagttactgctcatccaagaaaatactataaatttgattttttatttttaaatctggattaatgcacatgcagGTATGGTTCCTTGGTGAAAATGCCAATTATGCTGCTTCTGAATATGCTTGGGAGTCTGCAACTCCTCCTGGTACTGCATTGATGATGTTAGATGCAGATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT