Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcattatcttgaactttagcttgtactcccaagtttggttatagtgatcttgctgtgatatttactaatgctattttttttccctgacttttaatagGTGTGGATAAGTTAGTAGGCTGGGCTTTAAGTTACCACTTTATGCATTGTTCTGATGCCTCCGTCAGAGACTCTAAACTTTTGATTTCCAGTGAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g00200.t01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110727315|gb|EE103938.1|EE103938
EST:     CCCTGACCTTGAGACGCTATCCATAAAAGATCAATCCCTTGCAAGCGATG                         GTGTGGATAAGTTAGTAGGCTGGGCTTTAAGTTACCACTTTATGCATTGTT
genomic: CCCTGACCTTGAGACGCTATCCATAAAAGATCAATCCCTTGCAAGCGATGgtgagcatta ... cttttaatagGTGTGGATAAGTTAGTAGGCTGGGCTTTAAGTTACCACTTTATGCATTGTT
EST: gi|161711192|gb|FC058662.1|FC058662
EST:     CCCTGACCTTGAGACGCTATCCATAAAAGATCAATCCCTTGCAAGCGATG                         GTGTGGATAAGTTAGTAGGCTGGGCTTTAAGTTACCACTTTATGCATTGTT
genomic: CCCTGACCTTGAGACGCTATCCATAAAAGATCAATCCCTTGCAAGCGATGgtgagcatta ... cttttaatagGTGTGGATAAGTTAGTAGGCTGGGCTTTAAGTTACCACTTTATGCATTGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtgatcttgctgtgatatttactaatgctattttttttccctgacttttaatagGTGTGGATAAGTTAGTAGGCTGGGCTTTAAGTTACCACTTTATGCATTGTTCTGATGCCTCCGTCAGAGACTCTAAACTTTTGATTTCCAGTGAAAG
                            ctattttttttccctg  CT-rich tract
               atatttactaatgcta  TA-rich tract