Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagccaaggaccccctttagtttttgcctcttacaattcagttatatcattcattccttaaataagaagccatatttgctgcctttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAAGGATGAGAAGGAAGTTCCTGCAATGGGAGGTGGCATGGGTGGCATGGAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00340.t01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
lower sequence: AT3G23990.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
gtaagccaaggac--cccctttagtttttgcctcttacaattcagttatatcattcattccttaaataagaagccatatttgctgcctttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAAGGATGAGAAGGAAGTTCCTGCAATGGGAGGTGGCATGGGTGGCATGGAC
||||   ||   |   | |  ||  |      | ||    |||| ||  ||   | | || | |  ||| |    ||| |||| |   |||  ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||| |||||||| || || || || || |  ||       |||   ||||  ||||||||||| ||||  
gtaaataaaaagcgaacaccctaactaacaa-tgttcttcttcatttcgatatatgagtcttaagctaaaactgtatacttgc-gttgttg--gcagTGTGTCATCTTTGTTGACGACAACGGAAGCTGTAGTGGTTGATCTTCCGAAAGACGAAAGCGAGTCAGGAGCAGCAGGAGCAGGCATGGGTGGAATGGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34547889|gb|CF516121.1|CF516121
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|34542276|gb|CF510508.1|CF510508
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|33404079|gb|CF209706.1|CF209706
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|32457708|gb|CD798882.1|CD798882
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|352785457|gb|FQ477671.1|FQ477671
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|110363713|gb|EC927323.1|EC927323
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|110382117|gb|EC938529.1|EC938529
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|110700181|gb|EE077929.1|EE077929
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCTAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCC-AA
EST: gi|77587495|gb|DV222914.1|DV222914
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
EST: gi|34547812|gb|CF516044.1|CF516044
EST:     ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG                         TGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCCGTTGTGGTTGAACTGCCAAA
genomic: ATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAGgtaagccaag ... tttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagttatatcattcattccttaaataagaagccatatttgctgcctttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAAGGATGAGAAGGAAGTTCCTGCAATGGGAGGTGGCATGGGTGGCATGGAC
                                            ctttgat  putative branch site (score: 5)
                                        ctgccttt  CT-rich tract
                   ttaaataagaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagccaaggaccccctttagtttttgcctcttacaattcagttatatcattcattccttaaataagaagccatatttgctgcctttgatgcagTGTGTCATCGTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGGTTGAACTGCCAAAGGATGAGAAGGAAGTTCCTGCAATGGGAGGTGGCATGGGTGGCATGGAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA