Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggatctacaagggcataaattgtttaactttggtaataatgtttttcattgaattatgtatctggtttcatataagctgatttgtgtacattattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGATGTAATTGCATTCACTGCAATCTCATTGGGCTTTGTATATGTGGGTTCGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0028g03130.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161706069|gb|FC056232.1|FC056232
EST:     GTGC-ATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|71864029|gb|DT013084.1|DT013084
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAACGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|30304206|gb|CB981000.1|CB981000
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|110707945|gb|EE084922.1|EE084922
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAACGATGCAAAGGCACCGCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|30305222|gb|CB982016.1|CB982016
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|30305288|gb|CB982082.1|CB982082
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|71860625|gb|DT009680.1|DT009680
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAACGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
EST: gi|71863903|gb|DT012958.1|DT012958
EST:     GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAG                         ATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAACGATGCAAAGGCACCCCTTGAT
genomic: GTGCAATTCTGGGTCTAGGTCTTGCTTATGCCGGTTGTCAAAATGATCAGgtgaagttca ... ttattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattgaattatgtatctggtttcatataagctgatttgtgtacattattgtcagATACGTTGCAAATTGACTCCTATACTTAATGATGCAAAGGCACCCCTTGATGTAATTGCATTCACTGCAATCTCATTGGGCTTTGTATATGTGGGTTCGT
                             agctgat  putative branch site (score: 4)
      aattatgtat  TA-rich tract