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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataatctaacatattattgcattataatgtttatttgttgataggttctgcttgattctcttggatatatctcaaacgaatccattttgccttcttatcatttagGTTACCACTCTATCTAAAATAGCTCAAGGGACTCAAAATGCAGATCCAAACTCGGTTGCTGTATCACAGACAACAACAATTAAAGGTTCATCCTTGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00170.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA17G04890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
gtataatctaacatattattgcattataatgtt-tatttgttgataggttctgcttgattctcttggatatatctcaaacgaatccattttgccttcttatc--attt--agGTTACCACTCTATCTAAAATAGCTCAAGGGACTCAAAATGCAGATCCAAACTCGGTTGCTGTATCACAGACAACAACAATTAAAGGTTCATCCTTGCAG
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gtattatcttacagagcaatcttttatggcattatagacagcatgaaaattagttatgtcctctttggtaaatataataataatctctgttattttccaattcaatttgtagGTTACTACTCTGTCCAAAATAGCTCAAGGAACTCAAAATACCGATCCAAATTCTGCTGCTGTTTCTCAAACAGCTTCAATTAAAGGCTCATCACTTCAA

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA13G17610.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
gtataatctaacatattattgcattataatgtt-tatttgttgataggttctgcttgattctcttggatatatctcaaacgaatccattttgccttcttatc--attt--agGTTACCACTCTATCTAAAATAGCTCAAGGGACTCAAAATGCAGATCCAAACTCGGTTGCTGTATCACAGACAACAACAATTAAAGGTTCATCCTTGCAG
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gtattatcttacagagcaatcttttatggcattatagacagcatgtaaattagttatgacctctttggtaaatataataataatctctgttattttcctattcaatttgtagGTTACTACTCTGTCCAAAATAGCTCAAGGAACTCAAAATACCGATCCAAATTCAGCTGCTCTTTCTCAAACAGCTTCAGTTAAAGGCTCATCACTTCAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgattctcttggatatatctcaaacgaatccattttgccttcttatcatttagGTTACCACTCTATCTAAAATAGCTCAAGGGACTCAAAATGCAGATCCAAACTCGGTTGCTGTATCACAGACAACAACAATTAAAGGTTCATCCTTGCAG
 gcttgat  putative branch site (score: 5)
                              tccattttgccttctt  putative PPT
                                            ttatcattta  TA-rich tract