Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatccaattcctattgagctcccttacattcttttatgcacttcaaaaaaatttatttcaggttatattcctatgcagGTGTTTGCTGACCATGACTCCAGCCTTAACCCCATTGATGTTCCTAGGGCCTGGATATGGAATCTGCCAAGACGCACTGTGTACTTTGGGACCTCCATAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g03920.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30299419|gb|CB976213.1|CB976213
EST:     CAATGAGAGGGAGCTTTCCATTGAATGGCACATACTTCCAAGTTAATGAG                         GTGTTTGCTGACCATGACTCCAGCCTTAACCCCATTGATGTTCCTAGGGCC
genomic: CAATGAGAGGGAGCTTTCCATTGAATGGCACATACTTCCAAGTTAATGAGgtaaaatcca ... tcctatgcagGTGTTTGCTGACCATGACTCCAGCCTTAACCCCATTGATGTTCCTAGGGCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacattcttttatgcacttcaaaaaaatttatttcaggttatattcctatgcagGTGTTTGCTGACCATGACTCCAGCCTTAACCCCATTGATGTTCCTAGGGCCTGGATATGGAATCTGCCAAGACGCACTGTGTACTTTGGGACCTCCATAC
 cccttac  putative branch site (score: 3)
                                          tattcct  putative PPT
                  ttcaaaaaaatttatt  TA-rich tract