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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agttttatatccttatacctttcaatcaaacagatttattgttgctttatttacctgtaacatgtaatttttaacaattataatggtttttctcaaccagCTGAAGAAAGAGGGTAGGAGAAATGAGTATGAGCGACATAAATTGCAAGCCCTGAATCAGCGCCAGAAAATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g00130.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatttacctgtaacatgtaatttttaacaattataatggtttttctcaaccagCTGAAGAAAGAGGGTAGGAGAAATGAGTATGAGCGACATAAATTGCAAGCCCTGAATCAGCGCCAGAAAATG
                       ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                         tttttctc  putative PPT
            taacatgtaattttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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agttttatatccttatacctttcaatcaaacagatttattgttgctttatttacctgtaacatgtaatttttaacaattataatggtttttctcaaccagCTGAAGAAAGAGGGTAGGAGAAATGAGTATGAGCGACATAAATTGCAAGCCCTGAATCAGCGCCAGAAAATG

- - - - - - - - - - - -aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaatt