1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...taatgatgcaaaatgaacattttatattcacagaaataacaaactaattctggagtttaaattgaataaagcgttgactgatttgtcatttttgtgacagTGAGGAGAATTTAAGAGCTGCTCTTGGCAAGATGGGTGTGGGCAATCGTGCAATGGAGGATGTAATGGACAAAGTCCGAAATCGACATTATCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0051g00930.t01 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aattctggagtttaaattgaataaagcgttgactgatttgtcatttttgtgacagTGAGGAGAATTTAAGAGCTGCTCTTGGCAAGATGGGTGTGGGCAATCGTGCAATGGAGGATGTAATGGACAAAGTCCGAAATCGACATTATCAG
tcattttt CT-rich tract
agtttaaattgaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taatgatgcaaaatgaacattttatattcacagaaataacaaactaattctggagtttaaattgaataaagcgttgactgatttgtcatttttgtgacagTGAGGAGAATTTAAGAGCTGCTCTTGGCAAGATGGGTGTGGGCAATCGTGCAATGGAGGATGTAATGGACAAAGTCCGAAATCGACATTATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- -tgatgca
- - - - - aaatgaa
- - - - - - - - - - - - tattcac
- - - - - - - - - - - - - - - - gaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgactga