Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgggtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatccattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00340.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgg-gtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatc-cattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG
                                 ||||     |  ||   |||   | |   ||    |   || ||| |  | |     |       | |  || |     ||  || |  ||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||
--------------------------------gtatgattgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG

upper sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os03g04970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgggtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatccattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG
                                             |  | ||||  |||   |    | || ||  | | |   |  |||   |    | |   |  |   ||||| ||  ||||||||| ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||
--------------------------------------------gtagtgtcacagagttcatccattctt-ttgctctgtgggt-tactaggatctatctaaatcctgttttgctaacccagGTGAATACGTTGACATGGTGAAGTCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTTATCAGAACAGCTCTGGTGGATGCTGCAAG

upper sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT3G23990.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgggtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatccattgctcac---ttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG
                                           ||   |||||| ||       |    | | | || || | |   |   | | ||  |||   || |  | |   ||    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||
-------------------------------------------gtgagtttcac-aatccatcatcacttcacttttgttctctctga---agattgcatttagctaactgtggagaacaaactagGTGAATATGTGGATATGGTGAAAGCTGGAATCATAGACCCTCTGAAAGTGATCAGGACAGCTTTGGTTGATGCTGCGAG

upper sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: PP1S44_339V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 15
gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgggtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatccattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG
        | |||    |     ||| |  ||   | || | ||   |  || |  | |   |||   || | | |||| || |||        ||| |||  |  |||   ||    |  ||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| || || || ||||| |||||
-----aatttcatgcaga---ccttcatgcttgcgtaccatcag--accatctctgact---tgtcaaatgagtgttatcttgttg--------atgttttaatgcatca--tgtctccccagGAGAGTACGTGGATATGGTGAAAGCTGGAATTATTGACCCTGTGAAAGTAATCAGAACCGCATTCGTCGATGCAGCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34547889|gb|CF516121.1|CF516121
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|34542276|gb|CF510508.1|CF510508
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|33404079|gb|CF209706.1|CF209706
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|32457708|gb|CD798882.1|CD798882
EST:     GATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGT
genomic: GATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTC-AA-AGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGT
EST: gi|352785457|gb|FQ477671.1|FQ477671
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAGGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|110363713|gb|EC927323.1|EC927323
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|110382117|gb|EC938529.1|EC938529
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|110700181|gb|EE077929.1|EE077929
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAAGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|77587495|gb|DV222914.1|DV222914
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
EST: gi|34547812|gb|CF516044.1|CF516044
EST:     CAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCAGCCAAAG                         GTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA
genomic: GAAGCTGTTGGAGCAGGATAACCCTGATCTTGGATATGATGCGGCCAAAGgtttgtgcta ... gctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatccattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG
                                            tgctcac  putative branch site (score: 2)
                                              ctcactt  CT-rich tract
     tattatttttttgca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgggtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatccattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC