Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaaaattaatatatggtagatatgttgaaaataaaaatcagatacctaactgcatgctcacacatgctctatttaaatttacctttcccctttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCTTTTGATCTGTCGTAGTCTCCATCATCACTAATCAGGCTGAATGATAAGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g03830.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71880611|gb|DT029666.1|DT029666
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|110702937|gb|EE079346.1|EE079346
EST:     TGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCCTATTC-ACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAAGACAGGGATCT
genomic: TGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCC-TATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|27580872|gb|CB003567.1|CB003567
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71879127|gb|DT028182.1|DT028182
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71880224|gb|DT029279.1|DT029279
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71879128|gb|DT028183.1|DT028183
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|30321585|gb|CD004847.1|CD004847
EST:     ATGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|110707439|gb|EE083851.1|EE083851
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71879085|gb|DT028140.1|DT028140
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71881001|gb|DT030056.1|DT030056
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71878239|gb|DT027294.1|DT027294
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
EST: gi|71880566|gb|DT029621.1|DT029621
EST:     GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAG                         GATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT
genomic: GTGTTATGACTTGTGCCAATTACCTCAAGCTTCCTCCCTATTCCACCAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taactgcatgctcacacatgctctatttaaatttacctttcccctttcctttcagGATATTATGTATAAGAAACTACTTTATGCCATCAATGAAGGACAGGGATCTTTTGATCTGTCGTAGTCTCCATCATCACTAATCAGGCTGAATGATAAGA
        tgctcac  putative branch site (score: 2)
                         tttaaatttacctttc  putative PPT
                       tatttaaatttacctt  TA-rich tract