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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgacttgacttgccagaagttattccccgctctttatgtggtttaaatcatgattttctactgttgtttccttttgaaaaacagGTTCCCAACTTTGAACCGATGGATACAAATGCAAACCAATCTTCATCGAGTTTCAGAGTTTGCTATCACTGCTAAACATACAGATAATGATAGTATGGTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g04520.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA06G07850.2 (Glycine max), 3'ss of exon 15
-----------gtgacttgacttgccagaagttat-----tccccgctctttatgtggtttaaatcatgattttctactgttgtttccttttgaaaaacagGTTCCCAACTTTGAACCGATGGATACAAATGCAAACCAATCTTCATCGAGTTTCAGAGTTTGCTATCACTGCTAAACATACAGATAATGATAGTATGGTT
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atcttctataaattcttttacttaaaagaagccacaggggttgcatgccatcagacagtgttattgaataattagt-ttaaccttttctcctgatgtgcagGTTCCCAACTCTGAACAGATGGATACAGATGCAAACTAACCTCCATCGAGTGTCAGAATTTGCTGTAACTGCTAATCAAACAGTCGATGACGGCAATGTT

upper sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT2G25730.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
gtgacttgacttgccaga-agttattccccgctctttatgtggtttaaatcatgattttct--------------actgttgtttc-cttttgaaaaacagGTTCCCAACTTTGAACCGATGGATACAAATGCAAACCAATCTTCATCGAGTTTCAGAGTTTGCTATCACTGCTAAACATACAGATAATGATAGTATGGTT
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--gtactgtcaagccaaagagttctttcctcctttcaatttgaaatcaactcggttcctcttttccatcttattcagtgatattttactttttcttcatagGTATCCCACTTTAAACCGATGGATACAGATGCAGACTAATCTGCATCGAGTTTCGGAATTTGTTGTGACACCGAAGCAAAAACCTGATGACACACGGATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctttatgtggtttaaatcatgattttctactgttgtttccttttgaaaaacagGTTCCCAACTTTGAACCGATGGATACAAATGCAAACCAATCTTCATCGAGTTTCAGAGTTTGCTATCACTGCTAAACATACAGATAATGATAGTATGGTT
                        ttttctactgttgttt  CT-rich tract
            tttaaatcatgatttt  TA-rich tract