Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtggtaatttgatatcagagagatttaacttaatggacttgtgaccattcttgacattaatgatacttttccattcatgaattccttctcatcttttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00950.t01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110701014|gb|EE078175.1|EE078175
EST:     TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
EST: gi|110393306|gb|EC958451.1|EC958451
EST:     TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
EST: gi|110362948|gb|EC926511.1|EC926511
EST:     TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
EST: gi|33409238|gb|CF214865.1|CF214865
EST:     TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
EST: gi|46919271|gb|CN548600.1|CN548600
EST:     CCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: CCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
EST: gi|33409643|gb|CF215270.1|CF215270
EST:     TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
EST: gi|110417557|gb|EC983623.1|EC983623
EST:     TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGG                         AGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC
genomic: TATCTCCCTTTTGCCATTGCAAATGCACTCACGGCTAGACTGAATGATGGgtatgtggta ... tttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgacattaatgatacttttccattcatgaattccttctcatcttttatggcagAGTTCCTTTGGTTGATGAGAGTTTGGTACTTCTTGGTTATTGTGTCTTTACAG
     cattaat  putative branch site (score: 3)
                                ttccttctcatctttt  putative PPT
      attaatgatactttt  TA-rich tract