1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...aacaggcacttggttttccactttcatgcaaggagaggtcacatggtagcctgcatatgctgaattgataaaccaatggggcatgttttgattctcccagGTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGGGTAGCAGCTGCAGTTGATGCATTTCATCGGCATTTACCTCCACATCTAC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0072g00440.t01 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGTGTTGAGACCCTTACTGATGCCATACGATTCATGCTCCAGCCAGAG GTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGGEST: gi|110388543|gb|EC953306.1|EC953306
genomic: TCAGTGTTGAGACCCTTACTGATGCCATACGATTCATGCTCCAGCCAGAGgtaattatga ... attctcccagGTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGG
EST: TCAGTGTTGAGACCCTTACTGATGCCATACGATTCATGCTCCAGCCAGAG GTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGG
genomic: TCAGTGTTGAGACCCTTACTGATGCCATACGATTCATGCTCCAGCCAGAGgtaattatga ... attctcccagGTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGG
gtagcctgcatatgctgaattgataaaccaatggggcatgttttgattctcccagGTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGGGTAGCAGCTGCAGTTGATGCATTTCATCGGCATTTACCTCCACATCTAC
ttttgat putative branch site (score: 4)
ttctccc CT-rich tract
aattgataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacaggcacttggttttccactttcatgcaaggagaggtcacatggtagcctgcatatgctgaattgataaaccaatggggcatgttttgattctcccagGTTAAATCTCAAGCAATGGAATTAGCAAAATTGATAGAGAATGAAGATGGGGTAGCAGCTGCAGTTGATGCATTTCATCGGCATTTACCTCCACATCTAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
-acaggca
- - - - - - - tttccac
- - - - - - - - - - - -tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgtt