Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttttattcataaattgttatgtggtgattctccttgaaatcttttgtagctaaatttttcttgaatgtcttaaccaactctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATAATGTCTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g12560.t01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349811010|gb|FQ405998.1|FQ405998
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|110384138|gb|EC948555.1|EC948555
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|28968713|gb|CB347746.1|CB347746
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|33404093|gb|CF209720.1|CF209720
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|110382391|gb|EC939356.1|EC939356
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|30295718|gb|CB972512.1|CB972512
EST:     TTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: TTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|33404176|gb|CF209803.1|CF209803
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|351014223|gb|FQ434812.1|FQ434812
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|33402192|gb|CF207819.1|CF207819
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
EST: gi|33402179|gb|CF207806.1|CF207806
EST:     ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTG                         GCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA
genomic: ATTCAAGCTTATATAGCATAATGAGTATCTTGGCAGTAGTTGGAGTTGTGgtatgttttt ... tctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaaatcttttgtagctaaatttttcttgaatgtcttaaccaactctttttcagGCTATGGTAGTTGGCTTCTCTCTGGGAATGGGACCCATTCCTTGGGTTATAATGTCTGAG
                                  tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                            ctctttttc  putative PPT
                 taaatttttcttgaat  TA-rich tract