Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttttaatactttcagaggttcaatttctttccatgcattggtgtttagtgaaatgcaattttaaaatttcttctatgttttcaagGCCTTTTGGAGAGTCCGAATTGAGGCAGCATTTGCATTGGCTAATACAGCATCCGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g04200.t01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g04200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA17G13080.2 (Glycine max), 3'ss of exon 15
gttttaatactttcagaggttcaatttctttccatgcattggtgtttagtgaaatgcaattttaaaatttcttctatgtt-ttcaagGCCTTTTGGAGAGTCCGAATTGAGGCAGCATTTGCATTGGCTAATACAGCATCCGAG
||  || ||||||| |   |  | ||||  |   ||  ||      |    || |   || |   | | | ||   | |   ||||||| ||||||||||| || || || || |||||||||||||| ||| ||||||| |||
gtgata-tactttctgtaatatattttcaataattgtttttaaacctgt--aactaatatctgggagtcttttggttctaactcaagGCTTTTTGGAGAGTACGGATCGAAGCGGCATTTGCATTGGCAAATTCAGCATCTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatgcattggtgtttagtgaaatgcaattttaaaatttcttctatgttttcaagGCCTTTTGGAGAGTCCGAATTGAGGCAGCATTTGCATTGGCTAATACAGCATCCGAG
                                    tttcttctatgttttc  CT-rich tract
                          aattttaaaatttctt  TA-rich tract