Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcaggattgcaaaaattaaaataggagcttatatagaatgtgttcttgtaaccttcttcacaaaactgaatgctgcttatcttgttggtttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCATAGGTTGCAGAAGTTGCAGCTCAATTTTCCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g02050.t01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g02050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA15G03900.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
---------------------------------------------tgcaggattgcaaaaattaaa---atagg---agcttatatagaatgtgttcttgtaaccttcttcacaaaactgaa----tgctgcttatcttgttggtttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCATAGGTTGCAGAAGTTGCAGCTCAATTTTCCAAG
                                             |   |||   ||| | | ||      |||   ||  |||||  |||   | ||  |||  | ||    ||| ||||     |  |  |  | |||||  || ||  |||| |||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| || ||||| |||| ||| || |||||||| ||||| || ||
gtaagacttctattgttttctttctgctcgaaatagcattattgatatcggaagacaatattgaactctgcaggccaagtgtatatgcaatccatgctaataatgtcctat-taaatctgacgtgtttttattccttttgttttttcttctgcagCTGTAGGCTTGGTGAATGCAGGATTATTTTATGTGAAGCAGGTGCCAAGCACAGGTGGCAAAAATTGCAGCTTAATTTCCCGAG

upper sequence: Vv06s0004g02050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA13G41490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
---------------------------------------------tgcaggattgcaaaaattaaaataggagct-------tatatagaatgtgttcttgtaaccttcttcacaaaactgaatgctgcttatcttgttggtttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCATAGGTTGCAGAAGTTGCAGCTCAATTTTCCAAG
                                             |   |||   ||| | || || |    ||        | |||  |||   | ||  |||    ||    ||       || |  |  || | ||  ||||   |||| |||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| || ||||| | |||||| || |||||||| ||||| || ||
gtaagacttcttttgatttctttctactcgaaatagcattattgatatcggaagacaata-ttgaactgcaggccgggcaagtgtatgtaatccatgctaataatgccctattgaatcggacgtgtttttattcgttttttttttcctgcagCTGTAGGCTTGGTGAATGCAGGATTATTTTATGTGAAGCAGGTGCCAAGCACAAGTTGCAAAAATTGCAGCTTAATTTCCCGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30129730|gb|CB915069.1|CB915069
EST:     ACTAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|110702580|gb|EE081092.1|EE081092
EST:     ACTAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCANAATCATTCTATGTGGAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|30136412|gb|CB921750.1|CB921750
EST:     ACTAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|30126105|gb|CB911444.1|CB911444
EST:     ACTAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         NTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|30130177|gb|CB915516.1|CB915516
EST:     ACTAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCT
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCT
EST: gi|110361075|gb|EC924528.1|EC924528
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|33405995|gb|CF211622.1|CF211622
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTTTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|87583901|gb|DY473272.1|DY473272
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|110362552|gb|EC926095.1|EC926095
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|110363917|gb|EC927549.1|EC927549
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|33406095|gb|CF211722.1|CF211722
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|110363719|gb|EC927329.1|EC927329
EST:     ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
EST: gi|30329378|gb|CD012640.1|CD012640
EST:     ACTAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGG                         TTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA
genomic: ACAAGCAATGGAGAAAAGTTCCCTGGATGGGACACACTCTTGAGAGTTGGgtaagccatg ... ttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgtaaccttcttcacaaaactgaatgctgcttatcttgttggtttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCATAGGTTGCAGAAGTTGCAGCTCAATTTTCCAAG
 ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                            ttttt  putative PPT
                                ttatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcaggattgcaaaaattaaaataggagcttatatagaatgtgttcttgtaaccttcttcacaaaactgaatgctgcttatcttgttggtttttgggcagTTGTAAGCTTGGTGAATGCAGAATCATTCTATGTGAAGCAGGAGCTAAGCATAGGTTGCAGAAGTTGCAGCTCAATTTTCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
tgcagga
- - - - - - -aaattaa
- - - - - - - - - - aatagga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgttg