Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatatactacctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattattcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g05370.t01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtatgatatac---tacctaattttttgttcta-gcaaaaaga-atcttggagtatcttttaactggttcaaattattctt---gaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA
|||   || ||   ||   ||| |    || |  | |   | | |  || |   |  |  ||||     ||  || |||||   ||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| |  | ||||   | || || |||||| | || ||||| ||
gtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgtatgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA

upper sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA03G05150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtatgatatact-acctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattatt---cttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA----
|||||||| | | || |  |  |      | |  | ||     || ||| |||  ||||     |||| || ||   ||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || || ||| |||||||  || |    
gtatgatacaatcacattttcctcctactttgttataatctgttttgagaatcagttaatcacctcaattttttttccttaaagAACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTAATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCGATCAGTAT

upper sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtatgatatact-acctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattatt----cttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA
|||||||| | |  | |  | |  |  | |   | ||    | ||| |  |||  |||      |||| || ||    ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||| ||||||| ||| |
gtatgatacaatcgcattttctcctactttgttataattggttttgaaa-atcagttagtgacctcaatttttttttccttaaagAATGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA

upper sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA08G04890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtatgatatact-acctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattatt---cttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA
|||||||| | | || |  | |  |  | |   | ||    | ||| || |||  |||      |||| || ||   ||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||| ||||||| ||| |
gtatgatacaatcacattttctcctactttgttataatctgttttg-agaatcagttagtgacctcaattttttttccttaaagAACGTGGATGCAGGTGCAGCAAAGGAACTGATGGCATATTTGGTCAAGCTGCAGTCCTCACTTTCAGAAGTCAATCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30129214|gb|CB914553.1|CB914553
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|110388407|gb|EC953157.1|EC953157
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|30133454|gb|CB918793.1|CB918793
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|30130415|gb|CB915754.1|CB915754
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|22009717|gb|BQ794751.1|BQ794751
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|110405808|gb|EC971361.1|EC971361
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|37188896|gb|CF608245.1|CF608245
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|32270099|gb|CD719258.1|CD719258
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|30137874|gb|CB923212.1|CB923212
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|110364187|gb|EC923515.1|EC923515
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|30125170|gb|CB910509.1|CB910509
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|46917505|gb|CN546834.1|CN546834
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|22012567|gb|BQ797601.1|BQ797601
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|37185226|gb|CF604579.1|CF604579
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
EST: gi|110694852|gb|EE072334.1|EE072334
EST:     ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT
genomic: ATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatata ... attcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattattcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA
                           ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                           ttattctt  putative PPT
                                     ttcaaattattctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatatactacctaattttttgttctagcaaaaagaatcttggagtatcttttaactggttcaaattattcttgaagAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAAGAACTAATGGCATATTTGGTCAAACTTCAATCTTCCCTTCCAGAAGTTAATAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT