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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttttgtttttgaatttaatttctattgagcattgttcctggtataatccattaactaacttggcaccttggaattctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825250|gb|FQ417971.1|FQ417971
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|27586388|gb|CB009083.1|CB009083
EST:     GGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAA                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAA
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|30128391|gb|CB913730.1|CB913730
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|29785203|gb|CB341997.2|CB341997
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTTAAGATGCTGTCTCAAAGGGAGCCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAGGGAGCAAAAG
EST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
EST:     G-TCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAAAAG                         GTTGAATCATTTGTTAA-GATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|77586300|gb|DV222253.1|DV222253
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351018416|gb|FQ439228.1|FQ439228
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110363491|gb|EC927084.1|EC927084
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110418290|gb|EC984428.1|EC984428
EST:     CTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: CTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110728458|gb|EE104042.1|EE104042
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|34543207|gb|CF511439.1|CF511439
EST:     AGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: AGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|161716149|gb|FC069492.1|FC069492
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|33407050|gb|CF212677.1|CF212677
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|30134739|gb|CB920077.1|CB920077
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110693458|gb|EE069709.1|EE069709
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|29781739|gb|CB346445.2|CB346445
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|27586231|gb|CB008926.1|CB008926
EST:     GGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|30251721|gb|CB969454.1|CB969454
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAA
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAA
EST: gi|37190549|gb|CF609898.1|CF609898
EST:     TCCAGGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: TCCAGGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|110688619|gb|EE067379.1|EE067379
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
EST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
EST:     GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG                         GTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
genomic: GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGgttagttttg ... tctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattgttcctggtataatccattaactaacttggcaccttggaattctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG
                       aactaac  putative branch site (score: 1)
                                            ttcttt  putative PPT
                    attaactaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gttagttttgtttttgaatttaatttctattgagcattgttcctggtataatccattaactaacttggcaccttggaattctttgacagGTTGAATCATTTGTTAAAGATGCTGTCTCAAAG

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